12 февраля 2013 года Следственный комитет (СК) возбудил уголовное дело по ст. 160 УК РФ (растрата) в отношении экс-руководителя финансового департамента фонда "Сколково" Кирилла Луговцева и гендиректора ООО "Таможенно-финансовая компания (ТФК) "Сколково"" Владимира Хохлова. По версии следствия, они направили 23,8 млн руб. бюджетных средств на оплату аренды и ремонт помещения для ТФК, принадлежавшего родителям господина Луговцева.
В тот же день пресс-служба "Сколково" сообщила, что фонд сам выявил нарушения и передал материалы следственным органам. Официальный представитель СК Владимир Маркин это опроверг, отметив, что фонд "скрывал" данные, но "был вынужден их обнародовать" после начала проверки Счетной палатой.
28 февраля господин Маркин сообщил, что следствие проверяет "полученную из ФСБ оперативную информацию" о нецелевом расходовании "Сколково" 3,5 млрд руб., размещенных на депозитах аффилированного с Виктором Вексельбергом Меткомбанка. Помимо этого СК заинтересовал грант в 400 млн руб., выданный "организации, которая не являлась участником проекта "Сколково"", а также перечисление фондом более 37 млн руб. подрядчикам за не предусмотренные договорами работы.
18 апреля около 50 следователей и оперативников провели обыск и выемку документов в офисе "Сколково". На следующий день было возбуждено дело против старшего вице-президента фонда Алексея Бельтюкова. Его заподозрили в незаконной передаче депутату Госдумы Илье Пономареву $750 тыс. за курс из десяти лекций и выполнение научно-исследовательской работы.
1 мая в Лондонской школе экономики курирующий фонд вице-премьер Владислав Сурков заявил, что "Сколково" — "один из самых "чистых" проектов с точки зрения злоупотреблений", обвинив СК в излишней "энергичности" и поспешных заявлениях в ходе расследования дела. В качестве ответа газета "Известия" 7 мая опубликовала статью Владимира Маркина под названием "Глядя из Лондона, на зеркало неча пенять", в которой автор призвал оппонента "не создавать условий для хищений" и "контролировать своих менеджеров". 8 мая Владислав Сурков подал в отставку.
18 мая президент "Сколково" Виктор Вексельберг был в качестве свидетеля допрошен по делу передаче Илье Пономареву $750 тыс.