В июне 1990 года на Ваганьковском кладбище осквернили еврейские могилы. На надгробьях и кладбищенских указателях была нарисована свастика.
В апреле 1992 года в синагоге любавических хасидов на Большой Бронной произошел взрыв, в результате которого начался пожар.
30 декабря 1993 года в результате поджога было уничтожено огнем деревянное здание синагоги в Марьиной роще. Уникальные книги и предметы культа, хранившиеся в ней, удалось спасти.
22 августа 1996 года рядом с недавно отстроенной синагогой в Марьиной роще сработало взрывное устройство мощностью около 300 граммов тротила.
13 мая 1998 года у здания синагоги в Марьиной роще сработало взрывное устройство большой мощности. Пострадали три человека. Разрушена одна из стен синагоги.
В феврале 1999 года в Москве были арестованы два нациста, которые в мае прошлого года совершили целую серию акций в синагоге в Отрадном. Вначале они инсценировали ее поджог, а видеозапись подбросили на телевидение. Затем бросили бутылку с зажигательной смесью в окно синагоги и сожгли в ее дворе "Волгу", принадлежащую раввину Давиду Карпову. Преступники признаны невменяемыми.
1 мая 1999 года в Спасоглинищевском переулке и почти одновременно во 2-м Вышеславцевом переулке вблизи синагог прогремели два взрыва. Здания не пострадали.
18 мая этого года мощное взрывное устройство было обезврежено возле здания еврейского театра "Шалом" на Варшавском шоссе.