Генпрокуратура заинтересовалась Андреем Вавиловым почти два года назад в связи с аферой с облигациями, предназначенными производителю истребителей МАПО МиГ. Вавилов распорядился перевести банку МФК для покупки облигаций $150 млн. Облигации на эти деньги никто не покупал — они, как решили в Генпрокуратуре, просто были похищены. Вавилова допросили как свидетеля, и следователи заявили, что его деяния не подпадают ни под одну из статей УК.
Проверяя другие сделки Вавилова, прокуратура узнала, что летом 1996 года администрация Московской области по его распоряжению получила в доверительное управление облигации на $656 млн (5-й серии с трехпроцентным годовым купоном) и передала их Уникомбанку. Тот передал большую часть облигаций Московскому национальному банку (по сделкам "репо") и компании "МФК--Московские партнеры" (по агентским соглашениям). Прокуратура признала действия Вавилова незаконными и обратилась в суд с требованием обязать администрацию Московской области возместить Минфину ущерб в рублевом эквиваленте $656 млн.
Кстати, в ФСБ, расследовавшей взрыв в феврале 1997 года служебной машины Вавилова SAAB-9000, полагают, что это дело рук отнюдь не шахтеров и учителей, сидящих без зарплаты, а представителей криминала, которые кормились на талантливых, но незаконных комбинациях первого замминистра финансов. Впрочем, официально взрыв до сих пор считается нераскрытым.