17 марта 2005 года по подозрению в причастности к покушению на главу РАО ЕЭС Анатолия Чубайса, совершенном в тот же день, был задержан экс-полковник ГРУ Владимир Квачков. За время следствия он дважды баллотировался в Госдуму на довыборах в одномандатных округах Москвы: в Преображенском округе в декабре 2005 года он занял второе место с 28,9%, уступив кандидату от "Единой России" пенсионеру ФСБ Сергею Шаврину (36%), а в Медведковском округе в феврале 2006 года ему отказали в регистрации. 3 марта 2006 года дело передано в Мособлсуд, слушания начались лишь 17 октября того же года. Процесс, проходивший в закрытом режиме, дважды прерывался из-за роспуска коллегии присяжных. 5 июня 2008 года присяжные признали подсудимых невиновными. 26 августа 2008 года Верховный суд вернул дело на новое рассмотрение, однако в итоге 21 августа 2010 году присяжные вновь вынесли оправдательный вердикт.
23 декабря 2010 года, на следующий день после того, как Верховный суд подтвердил оправдательный приговор по делу о покушении на Чубайса, Владимир Квачков был задержан ФСБ и в тот же день арестован по обвинению в содействии террористической деятельности и покушении на организацию мятежа. По версии следствия, Квачков создал в Тольятти, Самаре, Владимире и других городах боевые группы "Народного ополчения имени Минина и Пожарского", которые должны были захватить и разоружить расположенные в своих регионах воинские части, а затем отправиться в поход на Москву. 19 января 2011 года ему предъявили обвинение. В январе дело Квачкова было соединено с делом петербургского экс-капитана МВД Александра Киселева, задержанного в 2010 году. 31 октября 2012 года в Мосгорсуде в закрытом режиме началось рассмотрение дела по существу, 9 ноября процесс стал открытым. 4 февраля 2013 года прокурор потребовал приговорить Квачкова к 14 годам заключения.