В мае 2007 года главное следственное управление при ГУВД Москвы возбудило дела в отношении ряда компаний фонда Hermitage Capital по обвинению в уклонении от уплаты налогов. В ответ руководство фонда объявило, что "вымышленные налоговые претензии" были использованы сотрудниками МВД для оправдания обысков и выемки учредительных документов трех ООО — "Риленд", "Парфенион" и "Махаон", которые затем были перерегистрированы на других лиц. Юрист фонда Hermitage Capital Сергей Магнитский заявил, что в декабре 2007 года новые владельцы этих фирм обратились в налоговую инспекцию N28 с просьбой вернуть им 5,4 млрд руб. налога на прибыль, что и было сделано. В феврале 2008 года по показаниям Сергея Магнитского завели уголовное дело, однако к октябрю оно было закрыто.
В апреле 2008 года заочные обвинения в уклонении от уплаты налогов предъявлены главе Hermitage Уильяму Браудеру, управляющему отделением фонда в России Ивану Черкасову (оба скрылись в Великобритании). 26 ноября того же года по этому делу арестован Сергей Магнитский, которого следствие назвало "автором криминальной схемы". Он несколько месяцев провел в Бутырке, а 16 ноября 2009 года умер в больнице СИЗО "Матросская Тишина", куда был доставлен с острой болью в животе. В декабре 2009 года уволены более 20 руководителей ФСИН, в том числе начальник Бутырки Дмитрий Комнов. Кроме того, в связи со смертью Магнитского к уголовной ответственности привлечен заместитель начальника Бутырки по лечебно-профилактической работе Дмитрий Кратов. Дело против самого Магнитского было закрыто "по нереабилитирующим обстоятельствам", однако вскоре вновь возобновлено Генпрокуратурой.
23 ноября 2009 года Уильям Браудер в интервью The New Times заявил, что преследование Сергея Магнитского было организовано в качестве мести за его показания о причастности ряда сотрудников МВД к хищению бюджетных средств.
26 апреля 2010 года глава Хельсинкской комиссии Конгресса США Бенджамин Кардин обратился к госсекретарю Хиллари Клинтон с требованием запретить въезд в страну 60 россиянам — работникам МВД, СКР, ФСИН, ФСКН, прокурорам и судьям, причастным, по его мнению, к смерти Сергея Магнитского. Сам список был опубликован на сайте Хельсинкской комиссии. 16 ноября 2012 года законопроект о "списке Магнитского" приняла палата представителей, а 6 декабря — Сенат США.
13 ноября 2012 года дело по обвинению Магнитского в уклонении от уплаты налогов было направлено в Генпрокуратуру, которая 28 ноября утвердила по нему обвинительное заключение.