В начале 1990-х годов право на собственный кабинет министров закрепилось в конституциях автономных республик — Татарстана (с 6 ноября 1992 года), Башкирии (24 декабря 1993 года), Бурятии (22 февраля 1994 года) и других образований, заявивших о своем суверенитете. Часть остальных субъектов в своих уставах и конституциях переняла практику создания собственных правительств, однако в большинстве областей и краев их возглавляли действующие губернаторы.
В 2000-х годах, после отмены прямых выборов губернаторов, началась дискуссия о необходимости унификации органов исполнительной власти в регионах РФ. В ноябре 2008 года на медиафоруме "Единой России" предлагалось, в частности, отказаться от "вводящих людей в заблуждение" региональных министерств в пользу "управлений" или "департаментов". В 2010 году кампания по унификации действительно началась, но коснулась она лишь названий должностей руководителей отдельных республик — Чечни, Ингушетии, Бурятии и др.
В настоящее время руководители 44 из 83 субъектов РФ совмещают свою должность с должностью главы регионального правительства. В 21 регионе пост премьера занимает другой человек, чаще всего — один из вице-губернаторов. В остальных 18 субъектах роль правительства в структуре исполнительных органов власти исполняет администрация, возглавляемая руководителем региона. 13 из 21 национальной республики в составе РФ выбирали для себя "раздельную" форму правления, руководители оставшихся восьми — Башкирии, Бурятии, Республики Алтай, Карелии, Коми, Марий-Эл, Тувы и Хакасии — сами участвуют в оперативном управлении правительством. При этом уставы и конституции субъектов в части совмещения полномочий постоянно меняются. Так, в октябре 2012 года глава Башкирии Рустэм Хамитов в рамках борьбы с "дублированием полномочий" возложил на себя обязанности премьер-министра, тогда как тульский губернатор Владимир Груздев в том же месяце, напротив, передал полномочия премьера своему первому заму Юрию Андрианову.