Следственный комитет при прокуратуре (СКП) был образован после принятия в июне 2007 года поправок в УПК и закон "О прокуратуре", которые исключили из компетенции прокуроров полномочия по процессуальному руководству следствием. Новый орган начал работу 7 сентября 2007 года, его руководитель Александр Бастрыкин имел статус первого заместителя генпрокурора.
Уже в ноябре 2007 года Генпрокуратура разработала законопроект, предусматривающий изъятие у СКП и передачу подконтрольным прокурорам органам дознания расследование преступлений небольшой и средней тяжести (60% всех дел). Также предлагалось ввести упрощенную процедуру рассмотрения этих дел. В январе 2008 года господин Бастрыкин поддержал инициативу об упрощенном расследовании нетяжких преступлений, но потребовал передать такие полномочия своему ведомству.
В октябре 2009 года Александр Бастрыкин заявил, что его ведомство намерено обратиться в Госдуму РФ с инициативой о наделении комитета правом заниматься оперативно-разыскной деятельностью.
В феврале 2010 года глава СКП неожиданно выступил за создание единого следственного органа силовиков, противником которого он был долгое время.
В сентябре 2010 года президент Дмитрий Медведев поддержал давнюю идею Александра Бастрыкина, объявив о создании самостоятельного следственного комитета России (СКР) и выводе его из подчинения Генпрокуратуры. Принятые Госдумой соответствующие изменения в федеральное законодательство вступили в силу 15 января 2011 года. Тогда же комитету было передано из полиции расследование налоговых дел.
С 1 января 2012 года следователи СКР стали расследовать тяжкие и особо тяжкие умышленные преступления, совершенные несовершеннолетними и в отношении несовершеннолетних.
5 июля 2012 года на коллегии СКР в Санкт-Петербурге было объявлено о новых функциях, которые могло бы получить ведомство. Главной из них назывался контроль за оперативно-разыскной деятельностью.