Власти не в первый раз устраивают облавы по национальному признаку. Так уже было в 2006 году, когда после ареста в Тбилиси по обвинению в шпионаже четырех российских офицеров в России начались гонения на грузин.
Сразу после ареста 27 сентября 2006 года российских граждан министр обороны Сергей Иванов обвинил Грузию в провокации и пообещал дать ей "адекватный ответ". На следующий день Москва прекратила выдачу виз грузинам, отозвала посла из Тбилиси и начала эвакуировать семьи дипломатов из Грузии. 1 октября президент Владимир Путин обвинил Тбилиси в "государственном терроризме с захватом заложников". Уже 2 октября арестованные граждане России были переданы грузинскими властями представителям ОБСЕ и отправлены на родину.
Несмотря на это, 3 октября Россия полностью остановила транспортное и почтовое сообщение с Грузией. 4 октября Владимир Путин призвал совершенствовать работу рынков для "защиты коренного населения России". В тот же день по всей России начались милицейские проверки, в ходе которых выявлялись, а затем массово высылались на родину нелегалы из Грузии. Людей задерживали не только на рынках и улицах, но даже в церквях. От нескольких московских школ милиция потребовала списки детей с грузинскими фамилиями, чтобы проверить законность пребывания в столице их родителей. Тем временем, по заявлению грузинских властей, из тбилисской школы, находящейся в ведении группировки российских войск в Закавказье, были исключены 80 грузинских учеников и уволены 20 учителей.
Российские правоохранительные органы обратили внимание и на грузинскую культуру. 4 октября обыски прошли в культурном центре "Мзиури" на Арбате. 5 октября налоговые органы заинтересовались доходами родившегося в Тбилиси писателя Бориса Акунина (Григория Чхартишвили), а 6 октября Счетная палата уличила в финансовых злоупотреблениях Российскую академию художеств, президентом которой является Зураб Церетели. Из-за отказа в российских визах были отменены гастроли грузинского национального балета "Сухишвили--Рамишвили". МИД также не пустил в страну грузинских самбистов, которые собирались участвовать в юношеском чемпионате мира в Москве. Кроме того, из России была выдворена не сумевшая продлить визу 15-летняя фигуристка Елена Гедеванишвили.
Силовики начали проверки предприятий, принадлежащих выходцам из Грузии, и активно рапортовали о поимке нарушителей закона грузинского происхождения. 6 октября в Москве была приостановлена работа ресторанов "Тифлисский дворик" и "Цинандали", а ресторан "Генацвале" закрылся, не дожидаясь визита милиции. После рейдов временно закрылись шесть казино, в том числе Golden Palace и "Кристалл". В тот же день калининградское управление Россельхознадзора запретило местному порту обслуживать суда под флагом Грузии, которые, по данным ведомства, были уличены в браконьерстве. За октябрь-ноябрь 2006 года было объявлено о поимке десятка грузинских воров в законе и разоблачении отмывшей 200 млрд руб. и около $400 млн преступной группировки, которую возглавлял грузин.
10 октября к борьбе с Грузией подключился российский бизнес: хостинг-провайдер Garanthost.ru перестал оказывать услуги гражданам Грузии и прервал сотрудничество с грузинскими партнерами "в связи с проведением (Грузией.— "Власть") резкой антироссийской политики". Госкорпорация "Газпром" 1 ноября объявила о повышении для Грузии цен на газ с $110 до $235 за 1 тыс. кубометров, после чего Тбилиси начал закупать газ в Азербайджане.
Всего, по данным Human Rights Watch, в ходе антигрузинской кампании 2006 года из страны было выдворено 2,3 тыс. человек, в том числе проживавших в России законно, еще около 2 тыс. грузин уехали самостоятельно. По разным данным, в ожидании депортации умерли от двух до пяти человек. Доподлинно известно об умершем от приступа астмы в аэропорту Домодедово 48-летнем Тенгизе Тогонидзе и скончавшейся в московском спецприемнике от сердечного приступа 51-летней Манане Джабелии. 26 марта 2007 года Грузия подала иск к России в Европейский суд по правам человека по поводу незаконного выдворения своих граждан. В январе 2011 года суд приступил к рассмотрению дела.