Нефтяная компания ЮКОС зарегистрирована 12 мая 1993 года в соответствии с постановлением правительства от 15 апреля 1993 года. Цель создания компании в документе была сформулирована так: "для повышения эффективности работы нефтяного комплекса и обеспечения надежного снабжения потребителей". Аббревиатура ЮКОС образована из названий основных первоначально вошедших в ее состав госпредприятий — "Юганскнефтегаза" и "КуйбышевнефтеОргСинтеза". В декабре 1995 года основным акционером ЮКОСа стала группа МЕНАТЕП Михаила Ходорковского, которая выиграла залоговый аукцион, предложив государству $159 млн. В 1997 году ЮКОС фактически объединился с другим активом МЕНАТЕПа — "Роспромом".
Компания начала интенсивное развитие, к 2000-м годам став второй по объемам добычи в России. Основные добывающие мощности были расположены в Тюменской, Томской, Самарской областях и Ханты-Мансийском автономном округе. В 2003 году общий объем добычи составил 80,8 млн т нефти, переработки --38,1 млн т. Летом 2003 года капитализация ЮКОСа достигла $31,5 млрд. Лучшими в финансовом отношении для компании стали девять месяцев 2003 года: выручка — $12,199 млрд, чистая прибыль — $3,546 млрд.
В мае 2003 года ЮКОС и "Сибнефть" Романа Абрамовича объявили об объединении. ЮКОС должен был приобрести 20% акций "Сибнефти" за $3 млрд и получить еще 72% в обмен на 26,01% в объединенной компании. Новая компания должна была стать четвертой в мире по объемам добычи и первой — по нефтегазовым запасам. После ареста Михаила Ходорковского "Сибнефть" отказалась от сделки.