11 ноября 1996 г. на заседании Совета обороны Юрий Батурин поставил вопрос о необходимости пересмотра действующих "Основных положений военной доктрины". Игорь Родионов заявил, что это лишь отвлечет армию от решения насущных проблем.
30 ноября Игорь Родионов своим приказом отстранил от должности "за действия, порочащие честь военнослужащего" главкома сухопутных войск Владимира Семенова. Родионов заручился согласием президента, но соответствующего указа не дождался. Батурин как председатель комиссии по высшим воинским должностям при президенте обратил внимание на юридический промах министра. В итоге Борис Ельцин поручил разобраться в ситуации Анатолию Чубайсу.
В начале января 1997 г. из аппарата СО произошла утечка информации: Родионов и Батурин, которому президент указом поручил контролировать разработку концепции военного строительства, не смогли прийти к единой точке зрения относительно сроков и методов проведения военной реформы. Поэтому на суд верховного главкома Ельцина на очередном заседании Совета будет представлено две концепции.
4 февраля пресс-секретарь президента Сергей Ястржембский сообщил, что Борис Ельцин поручил Батурину и Родионову провести совместную пресс-конференцию и разъяснить свою позицию.