НПФ являются некоммерческими организациями. Сейчас они платят налоги по модели ТТТ, то есть налогами облагаются пенсионные взносы, инвестиционный доход, а также выплаты вкладчикам. Такая модель налогообложения действует только в России. Нужно отметить, что помимо этого НПФ обязаны работать со спецдепозитариями, аудиторами, а также представлять в инспекцию НПФ актуарные заключения.
Подготовленные НПФ поправки предлагают ввести модель налогообложения ЕЕТ — такая система функционирует в Великобритании, Германии, США, Канаде и Швейцарии. Согласно этой модели, пенсионные взносы не облагаются социальным налогом. Доходы НПФ, полученные от размещения пенсионных резервов, не подлежат налогообложению на доход организаций. Имущество, в которое размещены резервы НПФ, не облагается налогом на имущество, а с операций по реализации этого имущества не взимается налог на добавленную стоимость. Доходы от остального имущества НПФ облагаются налогами на общих основаниях с доходами иных хозяйствующих субъектов. Однако пенсии, выплачиваемые НПФ, должны облагаться подоходным налогом на общих основаниях с другими доходами граждан.