51-летний старший следователь по особо важным делам следственного комитета Сергей Чернышев получил широкую известность в 2002 году, когда участвовал в расследовании дела бывшего главного финансиста Минобороны Георгия Олейника, обвинявшегося в превышении должностных полномочий и нанесении государству ущерба в размере $450 млн. По данным СМИ, в 2002 году был отстранен от дела, так как публично отказался арестовывать Олейника в зале суда после амнистирования.
С 2006 года расследовал дела о крупном хищении у компании ОАО "Томскнефть". В частности, вел дело экс-председателя правления банка "Траст" Олега Коляды, которому инкриминировали хищение 6 млрд руб. из "Томскнефти". В 2010 году Коляда приговорен к 7,5 годам лишения свободы.
В марте 2008 года вместе со следователем Зигмундом Ложисом направил в администрацию президента жалобу на руководителя главного следственного управления следственного комитета при прокуратуре РФ Дмитрия Довгия, обвинив его в коррупции и должностных злоупотреблениях. В 2009 году Довгий осужден на девять лет за получение взятки в €750 тыс.
С 2009 года господин Чернышев руководил следственной группой по делу бывшего владельца банка ВЕФК Александра Гительсона, обвиняющегося в растрате 890 млн руб. В апреле 2010 года банкир был освобожден из-под ареста, после чего скрылся от следствия. 4 апреля 2011 года суд заочно приговорил его к пяти годам колонии.