Термин "узник совести" введен в оборот в 1961 году основателем организации Amnesty International британским юристом и правозащитником Питером Бененсоном. Он объявил узниками совести всех, кто содержится под стражей по политическим мотивам. Первым "официальным" узником совести в 1962 году стал архиепископ Праги Йозеф Беран, просидевший в тюрьме с 1949 по 1963 год за проповедь, осуждавшую коммунизм. С тех пор по всему миру Amnesty признала узниками совести около 50 тыс. человек.
Одним из первых советских узников совести в 1962 году признан католический священник из Львова Иосиф Слипый, просидевший в лагерях 18 лет и выдворенный из СССР в 1963 году. В 1965 году Ватикан назначил его кардиналом и главой Украинской греко-католической церкви. К категории узников совести также причисляли Натана Щаранского, Валерию Новодворскую, Андрея Сахарова, Александра Солженицына, Юлия Даниэля, Андрея Синявского, Иосифа Бродского, Глеба Якунина. Последние советские узники совести были освобождены в 1987 году.
Первым узником совести в современной России стал в 1996 году омский правозащитник Юрий Шадрин, который девять месяцев провел под арестом за оскорбление судьи. В 1998 и 1999 годах этого же "звания" удостоились журналист Григорий Пасько и эксперт экологического движения Bellona Александр Никитин, обвинявшиеся в шпионаже. В сентябре 2006 года Amnesty признала узником совести правозащитника Льва Пономарева, арестованного на трое суток за сопротивление милиции во время пикета памяти жертв теракта в Беслане. В мае 2010 года узником совести стал екатеринбургский правозащитник Алексей Соколов, осужденный за кражу цветных металлов. 8 января 2011 года такой же статус получили оппозиционеры Борис Немцов, Константин Косякин, Илья Яшин, Кирилл Манулин и Эдуард Лимонов, задержанные на митинге в защиту 31-й статьи Конституции.