За время пребывания в заключении Михаил Ходорковский опубликовал в СМИ 17 статей и три открытых письма.
29 марта 2004 года в газете «Ведомости» Михаил Ходорковский опубликовал статью «Кризис либерализма в России», в которой констатировал, что развитие страны зашло в тупик, и предложил пути выхода. В частности он призвал большой бизнес «поделиться с народом» заработанным на приватизации, остановить утечку мозгов, а также «перестать лгать себе и обществу» и «пренебрегать — тем паче демонстративно — интересами страны и народа».
28 декабря 2004 года «Ведомости» напечатали статью «Собственность и свобода». В ней господин Ходорковский заявил об «уничтожении» компании ЮКОС и назвал дело против него «политически и коммерчески мотивированным нападением одного бизнеса на другой».
1 августа 2005 года в «Ведомостях» была напечатана статья «Левый поворот». В ней Михаил Ходорковский предрекает усиление «левых» во власти и переход страны на социал-демократический путь развития, при котором крупные собственники в народном сознании «будут уже не кровопийцами», а «эффективными собственниками». Среди путей демократизации был назван уход Владимира Путина «на покой» «в конституционные сроки».
11 ноября 2005 года в газете «Коммерсантъ» была опубликована статья «Левый поворот — 2» , в которой заключенный предложил программу развития до 2020 года и заявил о необходимости «реального модернизационного проекта».
20 ноября 2006 года британский журнал The Economist вышел со статьей Ходорковского «2007 год может стать поистине переломным в новейшей истории человечества» , посвященной основным мировым тенденциям — таким, как рост числа локальных войн и усиление роли Китая.
7 ноября 2008 года «Ведомости» напечатали статью «Левый поворот — 3. Глобальная perestroika» , в которой автор говорит о мировой тенденции перехода к «неосоциализму» от либерализма, предрекает усиление роли государства как регулятора экономики и «уход на задний план логики приоритета коммерческой прибыли, пресловутого экономического эгоизма».
15 июня 2009 года в журнале «Власть» была опубликована статья «Россия в ожидании суда» с планом реформы судебной системы. По мнению господина Ходорковского, судебная власть должна стать саморегулируемой, избавленной от влияния исполнительной. Статья вызвала дискуссию, в которой, в частности, принял участие председатель Конституционного суда Валерий Зорькин. Как сообщила «Ъ» пресс-служба Кремля, Дмитрий Медведев статью читал, но комментировать ее отказался.
7 июля 2009 года в The Moscow Times вышла со статьей бывшего главы ЮКОСа «В стремлении к жизни, свободе и доверию» о российско-американских отношениях. По словам автора, Дмитрий Медведев и Барак Обама как «позитивные лидеры» должны претворять в жизнь «привлекательный образ будущего» с настоящим «правосудием, гуманизмом и правами человека».
28 августа 2009 года на страницах русской версии журнала GQ заключенный Ходорковский описал свой тюремный опыт в форме афоризмов в материале «Что я видел и понял в лагере» . «Лагерь — это антимир. Здесь ложь — норма, правда — исключение», — замечал арестант.
21 октября 2009 года в «Ведомостях» экс-олигарх ответил на статью Дмитрия Медведева «Россия, вперед!» публикацией «Поколение М» , в которой назвал апелляции президента к интеллектуально активной части общества «фарсом и блефом».
26 октября 2009 года в The New Times опубликован еще один «Ответ на статью Дмитрия Медведева» , отметив, что «тормоз модернизации в современной России — утрата научных школ».
19 января 2010 года в New York Times Михаил Ходорковский выступил со статьей «Время и место России», в которой предрек стране крах к концу следующего десятилетия, если она не встанет на путь демократии.
3 марта 2010 года в «Независимой газете» вышла статья «”Узаконенное” насилие», описывающая методы работы судебной системы. По словам автора, «судебно-полицейский конвейер ежегодно пожирает достоинство и судьбы сотен тысяч наших сограждан».
18 мая 2010 года Михаил Ходорковский выступил с открытым письмом в адрес председателя Верховного суда Вячеслава Лебедева, жалуясь на незаконное продление ареста. В апреле 2011 года суд признал претензии обоснованными.
26 мая 2010 года в Washington Post была напечатана статья «Больше, чем ядерная угроза» о масштабах коррупции в России и мире. В ней автор призывает иностранных лидеров «уничтожить коррупционного зверя» и напоминает о судьбе компании ЮКОС, которую «разрушили для удовлетворения коррумпированных аппетитов… чиновников, пришедших к власти с Владимиром Путиным».
19 сентября 2010 года журнал Observer опубликовал статью «Россия — Британия: влюбиться вновь» об отношениях между двумя странами. Михаил Ходорковский призывает Лондон при диалоге с Москвой не забывать, что «Россия остается авторитарным государством с крайне высоким уровнем коррупции», но при этом надеется, что Британии станет более понятна судьба народа, «который ищет свой путь из мрака тоталитаризма к свету свободы».
20 октября 2010 года в Los Angeles Times появилась статья «История России и современность: мой личный урок, полезный для руководства моей страны», в которой автор напомнил, что «лидеры СССР вовсе не хотели уходить от власти», но «история их к этому принудила».
24 декабря 2010 года в «Независимой газете» бывший глава ЮКОСа выступил со статьей «Власти не хватает добра и терпимости», дав оценку личности Владимира Путина и пожелав ему, «чтобы его не боялись, но любили… и не только собаки».
1 февраля 2011 года Михаил Ходорковский написал письмо гендиректору ВГТРК Олегу Добродееву, в котором выразил возмущение тем, что телекомпания в сюжетах о нем освещала только позицию обвинения.
2 февраля 2011 года господин Ходорковский в «Ведомостях» обратился с письмом к президенту Дмитрию Медведеву в связи с «позорным приговором Хамовнического суда», который осужденный олигарх объявил незаконным.