6 сентября 2006 года по обвинению в попытке свержения власти были арестованы 29 грузинских оппозиционеров. Руководство страны заявляло, что заговор готовился в Москве.
27 сентября 2006 года спецслужбы Грузии задержали четырех российских офицеров, обвинив их в создании агентурно-диверсионной сети. Москва ответила санкциями, и офицеров освободили.
21 апреля 2009 года ФСБ объявила о разоблачении резидента грузинских спецслужб в Сочи предпринимателя Мамуки Майсурадзе. Он нашелся в Грузии и отверг все обвинения.
5 мая 2009 года танковый батальон в Мухровани объявил о неподчинении властям. В Тбилиси заявляли, что мятеж подготовлен спецслужбами России.
В 2009-2010 годах Северо-Кавказский окружной военный суд вынес приговоры участникам шпионской группы, захваченной в августе 2008 года. Служившие в СКВО три подполковника и старшина получили от 6 до 15 лет. Также в Северной Осетии на 7 лет за шпионаж в пользу Грузии приговорен россиянин Александр Хачиров.