8 марта 2005 года в чеченском селении Толстой-Юрт в ходе спецоперации ФСБ был убит президент Ичкерии Аслан Масхадов. По одной из версий, он сам приказал охраннику застрелить себя после того, как их бункер был обнаружен.
17 июня 2006 года в ходе боестолкновения в Аргуне был убит преемник Масхадова Абдул-Халим Сайдулаев. По словам тогдашнего премьера Чечни Рамзана Кадырова, боевика выдал кто-то из его окружения за 1500 руб.
10 июля 2006 года на окраине села Экажево в Ингушетии в результате спецоперации ФСБ был взорван "КамАЗ", в котором находился первый вице-премьер Ичкерии, бригадный генерал и террорист Шамиль Басаев.
4 апреля 2007 года в ходе спецоперации УФСБ и МВД в Веденском районе Чечни убит Сулейман Имурзаев (Хайрулла), командовавший джамаатами в юго-восточной части Чечни. Он считался одним из организаторов убийства Ахмата Кадырова.
17 сентября 2007 года в Кизилюртовском районе Дагестана ликвидирован лидер местных боевиков Раппани Халилов. Дом, где он скрывался, сровняли с землей бронетранспортеры и танк.
17 января 2009 года в Дагестане спецназы УФСБ и МВД РФ ликвидировали религиозного и военного авторитета ичкерийского подполья Ису Хадиева, который по поручению эмиссара Ичкерии Ахмеда Закаева создавал вооруженные отряды на Кавказе.
2 марта 2010 хода в ходе спецоперации ФСБ и внутренних войск в ингушском селе Экажево убит идеолог боевиков Александр Тихомиров (Саид Бурятский). По данным следствия, он подготовил 30 смертников для совершения терактов на территории России.
18 марта 2010 года в Веденском районе чеченские милиционеры ликвидировали арабского инструктора Абу Халеда, занимавшегося технической и психологической подготовкой террористов.
24 марта 2010 года в Нальчике в ходе перестрелки со спецназом ФСБ убит лидер бандподполья Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии Анзор Астемиров (Сейфуллах). Он был среди организаторов нападения на Нальчик в октябре 2005 года.