6 ноября 2004 года Элла Памфилова возглавила совет при президенте РФ по содействию развитию институтов гражданского общества и правам человека. За годы работы она запомнилась рядом ярких заявлений и инициатив.
23 июня 2005 года совет по правам человека направил президенту Белоруссии Александру Лукашенко открытое письмо с осуждением нарушения прав человека в республике. В ответ официальный Минск заявил, что "совет во главе с его председателем Эллой Памфиловой неправомерно присваивает себе роль судьи".
10 октября 2005 года в эфире телеканала "Россия" Элла Памфилова заявила, что некоторые члены партии "Родина" "больны нацизмом". Руководители партии обратились в Генпрокуратуру с требованием возбудить дело в отношении госпожи Памфиловой, но реакции не последовало.
24 ноября 2005 года правозащитница высказалась против разрабатываемых по инициативе президента Владимира Путина поправок об ужесточении контроля за некоммерческими организациями. По ее словам, поправки к законам повлекут "стабилизец" гражданского общества.
1 февраля 2007 года глава совета раскритиковала доклад правозащитной организации Freedom House, назвавшей Россию "несвободной страной". Она заявила, что выводы "притянуты за уши", а сама организация связана с ЦРУ.
21 апреля 2007 года госпожа Памфилова призвала главу МВД Рашида Нургалиева уйти в отставку, так как власть "сработала грубо" при разгоне "Маршей несогласных" и нанесла ущерб имиджу России. Требование осталось без ответа.
5 октября 2009 года возглавляемый Эллой Памфиловой совет выступил против "незаконной и аморальной кампании травли" журналиста Александра Подрабинека, преследуемого активистами "Наших" за статью "Как антисоветчик антисоветчикам". В ответ представители "Единой России" подвергли Эллу Памфилову жесткой критике.
24 июня 2010 года совет по правам человека в обращении к Дмитрию Медведеву выразил протест против поправок о расширении полномочий ФСБ, возрождающих "худшие и незаконные практики тоталитарного государства". Президент их не поддержал, заявив, что сам инициировал этот законопроект.
27 июля 2010 года в интервью "Эху Москвы" Элла Памфилова назвала "Наших" "выкормышами политтехнологов", которые "жгли книги", а потом и "до людей доберутся". Представители движения заявили, что подают в суд для защиты своей репутации.