Один из противников строительства БТС — вице-губернатор Санкт-Петербурга Юрий Антонов. На днях он заявил, что проход нефтепровода через верховья Невы экологически опасен для Петербурга. Поэтому он предложил построить железобетонный тоннель под Невой и упрятать в него трубу. Однако это приведет к существенному удорожанию БТС.
У "Сургутнефтегаза" также есть ряд претензий к проекту. Руководитель департамента перспективного развития компании Юрий Вершинников опасается, что ее дочернее предприятие — Киришский НПЗ, обслуживающий трубопровод Ярославль--Кириши (он войдет в БТС), не справится с загрузкой трубы. Завод может перерабатывать ежегодно только 18 млн т, а по нефтепроводу планируется перекачивать до 30 млн т ежегодно. В связи с этим "Сургутнефтегаз" настаивает на строительстве на этом участке параллельной трубы.
Строительство БТС невыгодно и мелким экспортерам нефти. При небольших поставках они вынуждены отчислять такой же инвестиционный тариф ($1,43 с 1 тонны), как и крупные нефтекомпании.