Летом 1997 года Генпрокуратура начала расследование хищения $231 млн, выделенных МАПО МиГ из госбюджета для обеспечения контракта на поставки МиГ-29 в Индию. Обвинения предъявляли нескольким топ-менеджерам МАПО и банкирам, свидетелем по делу проходил бывший замминистра финансов Андрей Вавилов. К 2000 году дело развалилось, не дойдя до суда. В 2006 году Генпрокуратура возобновила расследование в отношении господина Вавилова, ставшего к тому времени сенатором от Пензенской области. В 2007 году Верховный суд признал наличие в его действиях признаков мошенничества и злоупотребления полномочиями. В июле 2008 года дело закрыли в связи с истечением срока давности.
В мае 2006 года сотрудники ФСБ и прокуратуры выявили на складе РСК МиГ контрафактные запчасти к МиГ-29, предназначенные для отправки в Польшу по контракту на сумму $637 тыс. В декабре 2006 года обвинение в мошенничестве было предъявлено первому замгендиректора РСК МиГ Сергею Цивилеву и экс-главе фирмы-поставщика "Авиаремснаб" Мусаилу Исмаилову. Позже дело против господина Цивилева было прекращено, а к обвиняемым добавились замы Мусаила Исмаилова Александр Кутумов и Валерий Дорыкин. 14 мая 2009 года Савеловский райсуд приговорил господ Исмаилова и Кутумова к пяти с половиной годам заключения. В сентябре того же года господин Дорыкин был приговорен Савеловским райсудом к пяти годам условного заключения.
В августе 2008 года УФСБ по Нижегородской области передало в суд дело о хищении с авиастроительного завода "Сокол" свыше 10 млн руб. путем поставок некачественных деталей, использованных при сборке учебно-боевых МиГ-29УБ для Алжира. В апреле 2009 года райсуд Нижнего Новгорода приговорил замгендиректора "Сокола" Евгения Бодикова, начальника цеха Анатолия Жильцова и главу фирмы-поставщика "Авиатехносервис" Владимира Борисова к условным срокам и штрафам в 50-100 тыс. руб. В сентябре 2009 года СКП возбудил в отношении "группы неустановленных лиц" еще одно дело о покушении на мошенничество в связи с поставками агрегатов к алжирским МиГам.