20 марта 2008 года председатель следственного комитета при прокуратуре РФ (СКП) Александр Бастрыкин временно отстранил от должности руководителя главного следственного управления (ГСУ) СКП Дмитрия Довгия. Поводом стало начало служебной проверки, проводимой по заявлению следователей по особо важным делам Зигмунда Ложиса и Сергея Чернышова, заподозривших господина Довгия в коррупции. Он якобы хотел незаконно отпустить под залог экс-председателя правления банка "Траст" Олега Коляду, обвиняемого в хищении 460 млн руб. у "Томскнефти". Однако доказательств этому найдено не было.
21 апреля глава ГСУ отправлен в отставку за "несоблюдение ограничений и неисполнение обязанностей" и разглашение "конфиденциальных" сведений. СМИ связывали это с интервью господина Довгия газете "Известия", в котором он рассказал о ходе следствия по делу об убийстве журналистки Анны Политковской. 13 мая Дмитрий Довгий обжаловал увольнение в Басманном суде. Иск был перенаправлен в Мосгорсуд, который его отклонил.
18 августа 2008 года господин Довгий задержан по подозрению в получении взятки €750 тыс. По версии следствия, деньги ему передал бизнесмен Руслан Валитов, которому грозило привлечение к ответственности по делу о хищении у "Томскнефти" более 6 млрд руб. Тогда же задержали экс-начальника отдела следственного управления Главной военной прокуратуры Андрея Сагуру, якобы выступившего посредником. 20 августа подозреваемые арестованы Басманным судом, 25 августа им предъявлено официальное обвинение.
16 марта 2009 года на предварительных слушаниях в Мосгорсуде принято решение о рассмотрении дела судом присяжных. 22 апреля началось рассмотрение дела по существу. 15 июня в суде выступил глава СКП Александр Бастрыкин, который заявил, что первые сомнения в порядочности господина Довгия у него возникли, когда тот собрался освободить под залог тяжелобольного бывшего вице-президента ЮКОСа Василия Алексаняна. 22 июня обвиняемые в последнем слове заявили о своей невиновности.