Уголовные дела против высших руководителей прокуратуры

13 февраля 1996 года генпрокурор Юрий Скуратов возбудил дело против бывшего и. о. генпрокурора Алексея Ильюшенко (занимал пост с февраля 1994 по октябрь 1995 года). По версии следствия, глава компании "Балкар-Трейдинг" Петр Янчев в обмен на лоббирование его интересов продал родственникам прокурора по заниженной цене четыре автомобиля ВАЗ и два Jeep Grand Cherokee. 15 февраля 1996 года Алексей Ильюшенко был арестован и два года провел в СИЗО. 11 мая 2001 года дело закрыто за отсутствием состава преступления. Генпрокурор Владимир Устинов лично извинился "за допущенное прежним руководством Генпрокуратуры беззаконие".

2 апреля 1999 года заместитель прокурора Москвы Вячеслав Росинский возбудил дело против генпрокурора Юрия Скуратова. В тот же день президент Ельцин отстранил его от должности, но Совет федерации утвердил отставку только 19 апреля 2000 года. Первоначально генпрокурор обвинялся в том, что якобы проводил время с проститутками, услуги которых оплатил предприниматель Сурен Егиазарян. Затем в дело был добавлен эпизод о получении им от управделами президента 14 костюмов Zegna, оплаченных главой швейцарской строительной компанией Mabetex. 12 мая 2001 года дело закрыто "за недоказанностью".

12 мая 2008 года глава следственного комитета при прокуратуре РФ Александр Бастрыкин возобновил следствие по делу в отношении первого заместителя генпрокурора Александра Буксмана. Дело было возбуждено в декабре 2005 года и прекращено в августе 2006 года, сразу после назначения господина Буксмана первым заместителем генпрокурора. Следователи проверяли обвинения юриста Инны Ермошкиной, заявившей, что, будучи главой управления Росрегистрации по Москве, Александр Буксман вымогал у нее взятку в $200 тыс. и способствовал назначению своей жены Ирины нотариусом. В июне 2008 года генпрокурор Юрий Чайка отменил распоряжение главы СКП, мотивировав это тем, что возбуждать дела против заместителей генпрокурора можно только по заключению суда.