22 сентября 2005 года Мосгорсуд снизил экс-главе НК ЮКОС Михаилу Ходорковскому срок заключения с девяти до восьми лет. Из приговора Мещанского суда от 31 мая 2005 года был исключен эпизод о растрате 2,65 млрд руб. ЮКОСа путем перечисления их холдингу "Медиа-Мост".
9 февраля 2006 года Краснокаменский горсуд отменил выговор, вынесенный Михаилу Ходорковскому администрацией колонии ЯГ 14/10, за самовольный уход с рабочего места. Суд счел, что была уважительная причина — бывший олигарх искал мастера для починки швейной машинки.
2 марта 2006 года Верховный суд удовлетворил жалобу заключенного Ходорковского о недействительности пункта правил внутреннего распорядка исправительных учреждений, запрещающего свидания с адвокатами в рабочее время осужденных.
18 апреля 2006 года Краснокаменский суд отменил помещение господина Ходорковского в штрафной изолятор (ШИЗО) на 5 суток в январе того же года. Его наказали за хранение приказов и инструкций Минюста, что якобы могло привести "к непредсказуемым последствиям".
31 января 2007 года тот же суд признал незаконным помещение экс-олигарха в ШИЗО в июне 2006 года на 5 суток за обнаруженные у него съестные припасы. Адвокаты доказали, что продукты попали к заключенному легально.
20 марта 2007 года Басманный суд признал незаконным проведение предварительного следствия по новому делу в отношении Михаила Ходорковского в Чите и постановил проводить его в Москве, по месту совершения преступления. 25 декабря Верховный суд отменил это решение.
14 ноября 2008 года Ингодинский райсуд Читы признал, что в октябре господина Ходорковский неправомерно поместили в карцер на 12 суток после публикации его интервью в журнале Esquire. Администрация считала, что он нарушил правила переписки.
21 ноября 2008 года тот же суд отменил выговор и помещение экс-главы ЮКОСа в августе в карцер на 3 суток. Выговор был получен за грязную крышку бачка для воды, а карцер — за отказ сообщить вошедшему в камеру начальнику СИЗО о количестве человек в ней. 17 декабря Читинский облсуд счел, что в карцер Михаил Ходорковский попал заслуженно.