Самым успешным спортивным проектом Михаила Прохорова стал баскетбольный ЦСКА. Команда принадлежала ОНЭКСИМбанку, председателем правления которого был господин Прохоров, еще с середины 1990-х, но под оперативное управление Михаила Прохорова клуб перешел в 2002 году. На пост генерального директора БК ЦСКА был приглашен Сергей Кущенко (в настоящее время он является начальником "большого" ЦСКА), который и способствовал превращению армейского клуба в гранда европейского баскетбола. Благодаря финансированию со стороны господина Прохорова (на этот год бюджет клуба составляет порядка $50 млн, а в предыдущие сезоны стабильно держался у отметки в $40 млн) армейцы шесть раз подряд выходили в "Финал четырех" Евролиги. Трижды они играли собственно в финале этого мини-турнира, а в 2006 и 2008 годах ЦСКА выигрывал Евролигу. Ну и разумеется, ЦСКА при господине Прохорове неизменно выигрывает чемпионат России.
В рамках вхождения в капитал ПБК ЦСКА господином Прохоровым был приобретен контроль и над хоккейным ЦСКА. Команда, долгое время испытывавшая серьезные финансовые проблемы, благодаря вливаниям господина Прохорова (в среднем около $20 млн за сезон) в последние годы прибавила. После приглашения в 2004 году на пост главного тренера Вячеслава Быкова ЦСКА прогрессировал и в прошлом году (сезон-2006/2007) стал бронзовым призером национального первенства.
В 2002 году компания "Норильский никель", президентом которой был Михаил Прохоров, прибрела у завода ЗИЛ футбольный клуб "Торпедо-ЗИЛ". Команда была сначала переименована в "Торпедо-Металлург", а в 2004 году получила свое нынешнее название — ФК "Москва". Затраты на содержание клуба в этом году достигли $40 млн за сезон. Впрочем, особых успехов, несмотря на достаточно щедрое финансирование, команда не добилась. Правда и серьезных проблем с сохранением прописки в премьер-лиге у "Москвы" не наблюдалось. Если в 2004 году клуб занял в чемпионате России 14-е место, то в следующем сезоне уже пятое. В 2006-м "Москва" была пятой, а в прошлом чемпионате добилась лучшего своего показателя — четвертое место. Сейчас "Москва" за четыре тура до конца национального первенства идет лишь девятой.
Кроме вышеозначенных команд Михаил Прохоров также курировал мини-футбольный клуб "Норильский никель". Команда дважды — в 2001 и 2002 годах становилась чемпионом России.
В конце августа Михаил Прохоров заявил, что в связи с выходом из капитала "Норильского никеля", на который были оформлены все спортивные активы, он прекращает управление всеми командами.