15 ноября 1988 года приказом по МВД СССР было создано 6-е управление МВД СССР штатной численностью 32 человека. Оно стало первым подразделением МВД, занявшимся предотвращением тяжких преступлений на стадии их подготовки и нейтрализацией деятельности криминальных лидеров. В феврале 1989 года управление преобразовали в 6-е главное управление.
Указом президента СССР от 4 февраля 1991 года 6-е управление преобразовано в главное управление по борьбе с наиболее опасными преступлениями, организованной преступностью, коррупцией и наркобизнесом. Соответствующие подразделения были созданы в десяти республиках СССР общей численностью 3 тыс. человек.
В феврале 1992 года создано главное управление по организованной преступности (ГУОП) МВД России, которое в 1998 году преобразовано в главное управление по борьбе с организованной преступностью (ГУБОП) МВД России. На главк возложили борьбу с бандитизмом, квалифицированным вымогательством, коррупцией, преступными группами общеуголовной и экономической направленности, а также криминальными лидерами. В 2000 году глава МВД Владимир Рушайло вывел антимафиозные подразделения из подчинения республиканских МВД, региональных ГУВД и УВД и объединил их в единую цепочку подчинения: УБОП--РУБОП--ГУБОП--министр. Таким образом, новая структура не зависела от региональных властей и силовиков.
В 2001 году глава МВД Борис Грызлов включил ГУБОП в службу криминальной милиции (СКМ) МВД РФ, в распоряжение СКМ были переданы подчинявшиеся до этого ГУБОП специальные отряды быстрого реагирования (СОБР), которые переименовали в отряды милиции специального назначения (ОМСН). На базе РУБОПов были созданы главные управления МВД по федеральным округам, а УБОПы вернули республиканским и областным МВД, ГУВД и УВД.
10 ноября 2004 года ГУБОП преобразовано в департамент по борьбе с организованной преступностью и терроризмом (ДБОПиТ) МВД России. В подчинении ДБОПиТ находились несколько оперативно-розыскных бюро, центр по борьбе с терроризмом (центр "Т") и центр специального обеспечения (центр "С"), а также отряд милиции специального назначения "Рысь". Начальник департамента — генерал-полковник милиции Сергей Мещеряков.