Рекламаwww.kommersant.ru/ad

Виртуальный пациент

медицина
Виртуальные врачи лечат виртуального пациента – это пока преувеличение. Но пациент уже готов

Виртуальные врачи лечат виртуального пациента – это пока преувеличение. Но пациент уже готов

Blend RF / Donald Iain Smith / DIOMEDIA

Истинная персонализированная медицина должна базироваться на виртуальном пациенте — цифровом двойнике реального. Этот виртуальный пациент в идеале формируется и накапливается в течение всей жизни реального — он результат его взаимодействия с системой здравоохранения.
Виртуальный пациент — очень сложная задача, в мире ее еще никто не решил. Мы попытались решить ее на примере лечения артериальной гипертонии — сложного мультифакторного заболевания, для лечения которого используются разные классы лекарственных препаратов, и часто врач пробует несколько схем лечения, чтобы найти оптимальный вариант для конкретного пациента.
Перед нами стояло четыре основные задачи:
1) построить детальную цифровую модель биохимии и физиологии человека с достаточной для гипертонической болезни детализацией. Мы полагаем, что пока нереально построить виртуального пациента на все случаи жизни. Поэтому наш подход — создать набор основных блоков, а уже из них собирать модель под заданного пациента и болезнь (как из блоков конструктора «Лего»). Каждый блок может состоять из множества вложенных в него блоков. На самом нижнем уровне компоненты блоков — биохимические реакции и дифференциальные или алгебраические уравнения, описывающие изменения физиологических параметров (рисунок 1);
2) сделать персонализацию модели — такая модель содержит сотни параметров. В общей модели они берутся для некоторого усредненного человека. Если посмотреть историю болезни пациента, то из нее нельзя извлечь данные даже для 10% параметров модели. Для решения этой проблемы мы совместили два подхода.
Первый. Для многих физиологических параметров известны их зависимости от роста, веса, пола и возраста пациента. Из данных о пациенте мы можем их рассчитать. Теперь параметры модели уже ближе к реальному пациенту, но по-прежнему многие из них остаются усредненными, а некоторые у реального пациента существенно отличаются.
Чтобы выйти из этой ситуации, использовался второй подход: строилось множество виртуальных пациентов (от 2 тыс. до 10 тыс.), клинически наблюдаемые параметры у этих моделей соответствуют данным конкретного пациента, а неизвестные могут существенно различаться.
Следом проводится «лечение» созданной «популяции», то есть моделируется воздействие разных лекарственных препаратов на них (алискирена, лозартана, амлодипина, эналаприла, бисопролола и др.). Каждый виртуальный пациент реагирует на «лечение» по-своему, не для всех оно будет эффективно. Это позволяет выделить группы виртуальных пациентов со схожей реакцией на лекарственный препарат и определить, какие именно параметры определяют разделение на эти группы. Такой анализ может позволить понять, какие еще исследования нужно провести для данного пациента, чтобы отнести его к одной из групп и назначить ему эффективное лечение (рисунок 2);
3) создать для каждого лекарства две модели:
  • фармакокинетическую: как лекарство (и его производные) поступает, распределяется по организму и выводится из него;

  • фармакодинамическую: как лекарство воздействует на организм.

Основой для построения таких моделей служат данные клинических испытаний лекарств. Однако для построения модели нужен детальный молекулярно-биологический механизм действия лекарства и константы биохимических реакций, а также исходные персональные данные всех пациентов, прошедших лечение, а не усредненные по группе значения. Но поскольку такие данные недоступны, опять приходится определять параметры модели на основе «популяции» виртуальных пациентов, чтобы их усредненные параметры соответствовали исходной выборке, а результат «лечения» соответствовал данным клинических испытаний;
4) зафиксировать данные пациентов. Выше мы обсуждали, что данных о реальном пациенте недостаточно, чтобы построить его цифрового двойника.
Но есть и другие сложности.
Первая. Истории болезней пациентов ведутся в электронном виде, они недостаточно формализованы, чтобы их можно было использовать напрямую для модели. Требуется предварительная подготовка этих данных квалифицированным специалистом-медиком.
[   "\u0414\u0438\u0430\u0433\u0440\u0430\u043C\u043C\u0430 \u043C\u043E\u0434\u0435\u043B\u0438 \u0440\u0435\u0433\u0443\u043B\u044F\u0446\u0438\u0438 \u0430\u0440\u0442\u0435\u0440\u0438\u0430\u043B\u044C\u043D\u043E\u0433\u043E \u0434\u0430\u0432\u043B\u0435\u043D\u0438\u044F \u0443 \u0447\u0435\u043B\u043E\u0432\u0435\u043A\u0430. \u041A\u0430\u0436\u0434\u044B\u0439 \u0431\u043B\u043E\u043A \u0441\u043E\u0434\u0435\u0440\u0436\u0438\u0442 \u043D\u0430\u0431\u043E\u0440 \u043F\u0435\u0440\u0435\u043C\u0435\u043D\u043D\u044B\u0445 \u0438 \u0443\u0440\u0430\u0432\u043D\u0435\u043D\u0438\u0439. \u0411\u043B\u043E\u043A\u0438 \u0441\u043E\u0435\u0434\u0438\u043D\u0435\u043D\u044B \u0434\u0440\u0443\u0433 \u0441 \u0434\u0440\u0443\u0433\u043E\u043C, \u0435\u0441\u043B\u0438 \u0443 \u043D\u0438\u0445 \u0435\u0441\u0442\u044C \u043E\u0431\u0449\u0438\u0435 \u043F\u0435\u0440\u0435\u043C\u0435\u043D\u043D\u044B\u0435 \u0438 \u043F\u0430\u0440\u0430\u043C\u0435\u0442\u0440\u044B" ]

Диаграмма модели регуляции артериального давления у человека. Каждый блок содержит набор переменных и уравнений. Блоки соединены друг с другом, если у них есть общие переменные и параметры

Вторая. Идеальная и самая простая для моделирования — ситуация, когда в клинику пришел больной, которого до этого не лечили, и для него провели детальное обследование, после этого назначили лечение и через некоторое время вновь провели детальное обследование, чтобы оценить эффективность лечения. Поэтому для нашей работы мы отбирали тех пациентов, которые наиболее полно соответствовали этим требованиям.
[   "\u0412\u0435\u0431-\u0438\u043D\u0442\u0435\u0440\u0444\u0435\u0439\u0441 \u043F\u0440\u043E\u0433\u0440\u0430\u043C\u043C\u043D\u043E\u0433\u043E \u043A\u043E\u043C\u043F\u043B\u0435\u043A\u0441\u0430 BioUML \u0434\u043B\u044F \u043C\u043E\u0434\u0435\u043B\u0438\u0440\u043E\u0432\u0430\u043D\u0438\u044F \u0441\u043B\u043E\u0436\u043D\u044B\u0445 \u0431\u0438\u043E\u043B\u043E\u0433\u0438\u0447\u0435\u0441\u043A\u0438\u0445 \u0441\u0438\u0441\u0442\u0435\u043C" ]

Веб-интерфейс программного комплекса BioUML для моделирования сложных биологических систем

Практическим результатом работы стала компьютерная программа для оптимизации лечения гипертонии. Программа работает так: в нее вводятся имеющиеся данные пациента, после чего она создает множество виртуальных пациентов, для которых предсказывает наиболее вероятный эффект их лечения разными лекарствами, и предлагает дополнительные исследования, которые следует провести, чтобы сделать более точный выбор. Однако для внедрения этой программы в медицинскую практику нужно пройти еще большой путь, в частности, испытать ее на большом количестве пациентов и провести ее сертификацию.
Тем не менее предложенная технология построения виртуального пациента — широкий шаг вперед, к построению настоящего цифрового двойника реального пациента. Дальнейшее развитие этой технологии позволит прогнозировать действие и эффективность различных схем лекарственного лечения многих болезней человека, что открывает новые возможности для персонализированной медицины.
Работа поддержана грантом РФФИ 16-01-00779.
Федор Колпаков, кандидат биологических наук, Илья Киселев, кандидат физико-математических наук, Лаборатория биоинформатики, Институт вычислительных технологий СО РАН, г. Новосибирск

Журнал "Коммерсантъ Наука" №4

от 26.02.2019, стр. 28

Авторы

  • Илья Киселев
    Илья Киселев
    старший корреспондент