Жан-Юбер Мартен родился в 1944 году в Страсбурге. Изучал историю искусств в Сорбонне. В разное время возглавлял Кунстхалле Берна, Национальный музей современного искусства (Центр Помпиду), парижский Музей искусства Африки и Океании и дюссельдорфский Kunst Palast. Был художественным директором Лионской биеннале (2000), курировал биеннале в Сиднее (1982 и 1993), Йоханнесбурге (1995) и Сан-Паулу (1996).
На счету Жан-Юбера Мартена множество выставок, которые позже назовут эпохальными. Ретроспективы Франсиса Пикабиа (1976, Grand Palais, Париж) и Мана Рэя (1972 и 1982, Центр Помпиду) утверждали первостепенное значение этих в то время отошедших на второй план мастеров сюрреализма. Выставка "Париж--Берлин" (1978, Центр Помпиду) показала парижанам и всему миру, что на культурной карте Европы первой трети XX века было как минимум две художественные столицы. Проекты "Маги земли" (1989, Центр Помпиду) и "Африканские встречи" (1994, Институт арабского мира, Париж) открыли художников из Африки и Китая, которые впоследствии стали звездами международной арт-сцены. Открытие неизвестной Африки продолжилось в групповой выставке современного искусства Africa Remix, объездившей полмира. Эта любовь к современному искусству, не укорененному в европейской традиции, выразилась в программе знаменитой Лионской биеннале 2000 года, сформулированной как "Разделение экзотики", а одна из лучших выставок последней Венецианской биеннале Artempo провозглашала принцип равноценности искусств всех времен и народов.
Особый интерес Жан-Юбера Мартена всегда вызывало русское искусство. В 1978 году он устроил огромную ретроспективу Казимира Малевича в Центре Помпиду, в 1985-м организовал первую европейскую выставку Ильи Кабакова, два года путешествовавшую по музеям Швейцарии, Франции и Германии. Но, пожалуй, самым большим вкладом Жан-Юбера Мартена в русско-европейский диалог стал проект конца 1970-х "Москва--Париж", перевернувший представления Запада о русском авангарде и советской публики о принципах выставочной деятельности.