Основал Русскую православную церковь в Японии архиепископ Николай Японский (в миру Иван Дмитриевич Касаткин). Он родился 1 (13) августа 1836 года в Смоленской губернии. Его отец сельский диакон Дмитрий Касаткин отправил сына в Смоленскую духовную семинарию. Оттуда в августе 1857 года бурсак Касаткин в числе лучших учеников был переведен в Санкт-Петербургскую духовную академию. Он оканчивал четвертый курс, когда открылась вакансия священника при российском императорском консульстве в японском городе Хакодатэ. Выиграв конкурс среди 12 студентов старшего курса, который проводила отборочная комиссия из церковных иерархов, Иван Касаткин получил право начать службу пастыря в Японии. В июле 1860 года его возвели в духовный сан иеромонаха. Однако попасть в Японию сразу не удалось: он опоздал на последний пароход, уходивший в Хакодатэ, и прожил зиму и весну в Приморье. С открытием навигации он отбыл в Японию. Встретивший его в Хакодатэ консул Гошкевич рассказал, что за три года существования консульства сменилось два священника, потому что они не хотели изучать японский язык, без знания которого миссионерство невозможно. Поэтому в первые семь лет пребывания в Хакодатэ отец Николай серьезно занимался изучением японского языка, истории и культуры, а в часы досуга пытался делать переводы из некоторых священных и богослужебных книг.
В 1869 году отец Николай отправился в Санкт-Петербург и добился открытия в Японии духовной миссии. Эту просьбу удовлетворили, и в 1870 году отец Николай вернулся в Хакодатэ в качестве главы Русской духовной миссии и в священническом сане архимандрита. После переезда в Токио он создал духовную семинарию, катехизаторские школы, начал издавать первые в Японии русские журналы "Православный вестник" (на русском и японском языках) и "Уранисики" ("Скромность"), знакомивший японских читателей с историей, культурой, литературой России. При этом главной его целью оставалось строительство в Токио кафедрального собора. В 1879-1880 годах для сбора пожертвований отец Николай посетил Санкт-Петербург, Москву, Казань, Киев, Одессу. Строительство заняло почти десять лет, и в 1991 году в Токио появился собор Воскресения Христова, позже получивший неофициальное название Николай-до.
За полувековую деятельность святителя Николая к православию в Японии приобщились 31 984 верующих. Он перевел на японский язык Священное Писание, богослужебные книги. 16 февраля 1912 года архиепископ Николай скончался в возрасте 75 лет в Токио. Его похоронили в пределах собора Воскресения Христова. В 1978 году над его могилой возвели белую часовенку. Спустя полвека после кончины преосвященный Николай был канонизирован. 16 февраля ежегодно отмечается День святого равноапостольного Николая Японского.