С начала 1990-х годов Бадри Патаркацишвили был совладельцем практически всех крупных проектов Бориса Березовского и занимал в этих структурах различные посты. С 1993 года он был акционером и первым заместителем гендиректора ЛогоВАЗа. В декабре 1995 года ЗАО "Нефтяная финансовая компания", совладельцем и председателем совета директоров которого он являлся, купило 51% акций "Сибнефти". В 1996-1999 годах господин Патаркацишвили возглавлял совет директоров Объединенного банка. Также считается, что Бадри Патаркацишвили совместно с Борисом Березовским владел 25% "Русского алюминия". Среди медийных активов двух бизнесменов были Общественное российское телевидение, телеканал ТВ-6, издательский дом "Коммерсантъ", "Независимая газета", "Новые Известия" и журнал "ТВ-Парк".
В 2001 году Бадри Патаркацишвили покинул Россию, после чего СМИ сообщили о продаже им и господином Березовским долей в ОРТ, "Сибнефти" и "Русском алюминии".
В феврале 2006 года Борис Березовский объявил, что Бадри Патаркацишвили выкупит у него все активы в совместном бизнесе. Политэмигрант объяснил свое решение стремлением "снять политические риски с бизнеса Бадри". После этого господин Патаркацишвили стал контролировать в том числе 100% издательского дома "Коммерсантъ" (продал его в августе того же года). Среди других активов бизнесмена был инвестфонд Bary Discovered Partners, владеющий корпорацией Georgian Glass and Mineral Waters (производитель минеральной воды "Боржоми") и рядом предприятий пищевой промышленности в Грузии и Сербии. Бадри Патаркацишвили также владел 70% акций грузинского медиахолдинга "Имеди", акциями телекомпаний "Мзе" и "Первое стерео". Ему принадлежало 49,9% грузинского сотового оператора Magticom. Среди других активов господина Патаркацишвили были пакеты акций футбольного и баскетбольного клубов "Динамо" (Тбилиси) и доля в бразильском футбольном клубе "Коринтианс".