Основные направления нацпроекта на 2006-2007 годы были утверждены в самом конце 2005 года. По направлению "Развитие первичной медико-санитарной помощи" были предусмотрены дополнительная подготовка 14 тыс. врачей, повышение зарплат участковых врачей и врачей общей практики, закупка 12 тыс. машин скорой помощи и диагностического оборудования для 11 тыс. поликлиник, обследование на ВИЧ 40 млн человек и лечение 30 тыс. ВИЧ-инфицированных, проведение дополнительной иммунизации против гепатита В, краснухи, полиомиелита, гриппа, проведение дополнительных обследований (скрининга) новорожденных, проведение дополнительной диспансеризации 12 млн работающих. К этому же направлению относится и введение "родовых сертификатов" из расчета 7 тыс. руб. на одну беременную женщину. Всего на эти цели было выделено 159,5 млрд руб.
Вторым направлением нацпроекта было "повышение обеспеченности населения высокотехнологичной медицинской помощью" до уровня в 45% от потребности. Было намечено строительство 15 новых центров высоких медицинских технологий в регионах РФ и оказание высокотехнологичной медицинской помощи дополнительно 298 тыс. человек за счет федерального бюджета. На эти цели было выделено 48,1 млрд руб.