В 1998-2000 годах пост председателя правления НАК "Нафтогаз Украины" занимал Игорь Бакай. Господин Бакай был инициатором создания НАК, он создал системы управления компанией и взаимодействия ее структурных подразделений. При нем кредиторская задолженность "Нафтогаза" достигла $2 млрд.
С марта по июнь 2000 года должность исполняющего обязанности председателя правления "Нафтогаза" занимал Игорь Диденко. Господин Диденко своей основной задачей считал ограничение влияния газотрейдеров, но не успел решить этот вопрос.
В 2000-2002 годах главой НАК был Алексей Копылов. Его назначение было пролоббировано тогдашним главой ГНАУ Николаем Азаровым. За время работы господина Копылова объем налоговых платежей НАК вырос в 1,7 раза.
В 2002-2005 годах должность председателя правления НАК "Нафтогаз Украины" занимал Юрий Бойко. При господине Бойко "Нафтогаз Украины" погасил двухмиллиардную задолженность и монополизировал рынок природного газа, убрав с него посредников.
В 2005-2006 годах главой НАК был Алексей Ивченко. При нем компания потеряла рынок промышленных потребителей газа и нарастила кредиторскую задолженность до $2,1 млрд.
С мая по август 2006 года председателем правления компании был Алексей Болкисев, который запомнился попытками вывести "Нафтогаз" из финансового кризиса.
С августа 2006 по январь 2007 года председателем правления "Нафтогаза" был Владимир Шелудченко, который считал своей основной задачей снижение налоговой нагрузки на НАК, однако столкнулся с противодействием вице-премьера Николая Азарова.