В мае 2003 года УВД Екатеринбурга заподозрило книгу под редакцией Адама Парфрея "Аллах не любит Америку" издательства "Ультра. Культура" в разжигании межнациональной розни. 5 мая продажа книги на территории России была приостановлена. 22 мая экспертиза подтвердила, что в книге содержатся призывы экстремистского характера. 6 июня прокуратура Свердловской области передала решение вопроса в Генпрокуратуру. 1 сентября она отказала в возбуждении уголовного дела, признав книгу просветительской литературой.
В феврале 2004 года ООО "Дарт-сервис", сдававшее издательству офис в центре Москвы, без объяснения причин повысило арендную плату в два с половиной раза — с $300 до $720 за 1 кв. м. 27 февраля "Ультра. Культура" освободило помещение.
В феврале 2004 года Ленинский районный суд Ульяновска признал, что выпущенная издательством книга "Марихуана: запретное лекарство" Лестера Гринспуна и Джеймса Бакалара пропагандирует распространение наркотиков, и вынес решение о ее конфискации. 15 марта Федеральная служба по контролю за оборотом наркотиков провела операцию по изъятию из продажи всего тиража книги. Также была приостановлена продажа еще шести книг, подозревавшихся в пропаганде наркотиков и терроризма. 6 апреля 2004 года экспертиза подтвердила обвинения в отношении двух книг. Их тиражи были изъяты.
В январе 2006 года управление Федеральной службы по надзору за оборотом наркотиков по Свердловской области заподозрило книгу издательства "Культура времен апокалипсиса" Адама Парфрея в пропаганде наркотиков. 26 октября Кировский районный суд Екатеринбурга оштрафовал на 90 тыс. руб. типографию "Уральский рабочий", напечатавшую книгу. Весь тираж был уничтожен.