22 ноября адвокаты экс-главы ЮКОСа заявили, что руководство колонии общего режима ЯГ 14/10 препятствует их работе. По их словам, на встречи с подзащитным они допускались строго по одному и после обыска без понятых и составления протокола. 29 ноября адвокаты не были допущены к встрече. Сообщалось, что начальник колонии Александр Евстратов мотивировал это тем, что "все заключенные должны работать до 18.00, и никаких исключений сделано не будет".
14 декабря господин Ходорковский получил первое взыскание — выговор. Он без ведома руководства покинул сломавшийся швейный станок и ушел искать мастера. 9 февраля 2006 года суд Краснокаменска отменил выговор, однако 3 апреля Читинский облсуд направил дело на новое рассмотрение.
12 января 2006 года администрация колонии отменила назначенное на 30 января свидание экс-олигарха с женой, мотивировав это ремонтом в исправительном учреждении.
24 января бывший глава ЮКОСа помещен на пять суток в штрафной изолятор (ШИЗО), после того как у него обнаружили "запрещенные для хранения документы". По словам адвокатов, к таковым были отнесены нормативные акты Минюста, регламентирующие права осужденных.
16 февраля экс-олигарх обратился к руководству колонии с просьбой разрешить заниматься научной деятельностью и писать статьи в журнал "Химия и жизнь". Просьба осталась без ответа.
17 марта з/к Ходорковский помещен в ШИЗО на семь суток. Взыскание вынесено за "употребление пищи вне отведенных для этого мест": он пил чай в комнате совета отряда.
6 апреля Замоскворецкий суд Москвы отказал в удовлетворении жалобы Михаила Ходорковского об этапировании его в Краснокаменск.