30-31 марта 1994 года на Серпуховской линии произошло несколько аварий, парализовавших ее работу на сутки. 30 марта на между станциями "Нахимовский проспект" и "Нагорная" столкнулись два состава. Пострадали 18 пассажиров, 2,5 тыс. человек были эвакуированы из тоннеля. 31 марта на перегоне "Чертановская"--"Севастопольская" столкнулись два пустых состава, а на "Петровско-Разумовской" — поезда с пассажирами. В последнем случае пострадали 3 пассажира и машинист.
4 марта 1996 года в тоннеле между станциями "Новослободская" и "Проспект Мира" загорелся кабель. В результате движение было остановлено на всей Кольцевой линии. При эвакуации пассажиров из застрявших в тоннеле поездов два человека скончались от сердечного приступа. Движение было полностью восстановлено только через 9 часов.
10 апреля 2001 года из-за прорыва воды и грязи, вызванного паводком, на перегоне между станциями "Царицыно" и "Кантемировская" на два с половиной часа было прервано движение поездов. На других участках Замоскворецкой линии интервалы между поездами составляли свыше 20 минут.
5 апреля 2002 года на станции "Киевская-кольцевая" тяжелые травмы получили два человека. Причиной стал попавший в металлическую "гребенку" эскалатора каблук одной из пассажирок. Стоявший возле поручней милиционер сумел вытащить ее и отключить подъемник, однако ноги следующих пассажиров уже затянуло в механизм.
7 мая 2002 года при проведении работ по бурению был пробит свод тоннеля между станциями "Третьяковская" и "Марксистская". Буровая колонна встала поперек перегона. Никто не пострадал, движение было восстановлено на следующий день.
29 сентября 2004 года на станции "Чертановская" столкнулись два поезда. В хвост состава, поданного для посадки пассажиров, врезался поезд, следовавший из оборотного тупика. Никто из пассажиров не пострадал. Движение поездов на участке "Пражская"--"Нагорная" было прервано на два часа.