5 февраля 2004 года экс-президент ООО "ЮКОС-Москва" Василий Шахновский был признан виновным в неуплате налогов на сумму 28,5 млн руб. Мещанский суд приговорил его к году тюрьмы, однако господин Шахновский был освобожден от наказания в связи с "изменением обстоятельств" после уплаты им в бюджет 53 млн руб.
30 марта 2005 года экс-начальник отдела службы безопасности ЮКОСа Алексей Пичугин признан виновным в организации убийства предпринимателя Сергея Горина и его супруги, покушении на экс-советника мэра Москвы Ольгу Костину и сотрудника "Роспрома" Сергея Колесова. Мосгорсуд приговорил его к 20 годам заключения.
31 мая 2005 года экс-председатель правления НК ЮКОС Михаил Ходорковский и председатель совета директоров МФО МЕНАТЕП Платон Лебедев признаны виновными в мошенничестве, злостном неисполнении решения суда, присвоении и растрате, причинении крупного имущественного ущерба, организации уклонения от уплаты налогов от лица организаций и в качестве физических лиц. Мещанский суд приговорил каждого из них к девяти годам заключения и обязал выплатить по иску МНС 17,4 млрд руб. 22 сентября Мосгорсуд сократил обоим наказание на один год.
31 мая 2005 года бывший гендиректор АОЗТ "Волна" (дочернее предприятие ЮКОСа) Андрей Крайнов признан виновным в неисполнении решения суда, причинении имущественного ущерба путем обмана и мошенничестве. Мещанский суд учел раскаяние и частичное признание вины и приговорил его к 5,5 года условно.
1 июля 2005 года гендиректор ООО "Западно-Малобалыкское" (СП ЮКОСа и венгерской компании MOL) Олег Витка признан виновным в незаконном предпринимательстве и приговорен Нефтеюганским горсудом к 3,5 года условно.
14 июля 2005 года депутат думы ХМАО, экс-управляющий директор ОАО "Юганскнефтегаз", управляющий "ЮКОС-РМ" Тагирзян Гильманов был оправдан Нефтеюганским райсудом по обвинениям в пособничестве уклонению от уплаты налогов. В августе 2005 года коллегия суда ХМАО отменила приговор. 4 февраля 2006 года райсуд приговорил господина Гильманова к трем годам условно.
1 декабря 2005 года бывший и. о. управделами ООО "ЮКОС-Москва" Алексей Курцин признан виновным в хищении и отмывании денежных средств на сумму 342 млн руб. Лефортовский суд приговорил его к 14 годам заключения и выплате 1 млн руб. штрафа.