19 мая 1992 года КС признал неконституционным постановление Верховного совета РСФСР от 18 декабря 1991 года о толковании статьи Конституции о статусе Москвы как города и столицы РСФСР, признав недопустимым управление одним городом на двух разных уровнях. В своем особом мнении Борис Эбзеев выразил несогласие с решением суда, заявив, что сведение управления Москвой к одному уровню нарушает систему взаимоотношений с федеральными властями и ставит под угрозу единое правовое пространство страны.
30 ноября 1992 года суд принял постановление, признающее конституционными ряд указов президента России от 1991 года, прекращающих деятельность компартии РСФСР и лишающих ее имущества. В своем особом мнении Борис Эбзеев поставил решение суда под сомнение, посчитав его поспешным. Свое мнение он мотивировал чрезмерной сложностью дела и необходимостью дополнения текста Конституции для его полноценного разрешения.
31 июля 1995 года КС признал конституционными указы президента 1993 и 1994 годов "Об основных положениях военной доктрины РФ" и "О мероприятиях по восстановлению конституционной законности и правопорядка на территории Чеченской республики", дающие право проведения военных операций в стране с целью поддержания правопорядка. Господин Эбзеев оспорил решение суда в особом мнении, в котором подчеркнул, что цели указов не могут оправдать последовавших в результате войны репрессий и разрушений в Чечне, что делает их неконституционными.