18 февраля 2005 года Госдума РФ приняла обращение к правительству, в котором призвала ограничить или запретить импорт молдавских алкоголя и сигарет, повысить для Молдавии (за исключением Приднестровья) цены на энергоносители до мирового уровня и ужесточить правила въезда в Россию гражданам страны. Таким образом Молдавия потеряла бы до 37% доходов от экспорта, увеличила газовый долг (составлявший около $1,3 млрд), около 700 тыс. молдаван лишались заработка в России. 16 марта правительство рассмотрело предложение, однако никаких конкретных шагов предпринято не было.
18 марта 2005 года Россельхознадзор ввел запрет на ввоз из Молдавии говядины, свинины, баранины, мяса птицы и мясных субпродуктов. Поводом названы подозрения в том, что Молдавия занимается реэкспортом мяса из регионов, откуда в Россию могут быть занесены опасные заболевания. Запрет привел к тому, что за первое полугодие 2005 года экспорт мяса из Молдавии в Россию сократился с $2,6 млн до $0,6 млн. 25 мая стороны договорились о возобновлении торговли на условиях предоставления Молдавией гарантий местного происхождения ввозимых мясопродуктов.
16 мая 2005 года Россельхознадзор ввел ограничения на ввоз растениеводческой продукции, овощей и фруктов из Молдавии. По данным российской стороны, Молдавия грубо нарушала российские и международные требований по поставке продукции, что могло привести к завозу в страну опасных заболеваний. В результате втрое сократился экспорт молдавских овощей (на Россию приходилось около 70% экспорта фруктов и овощей), в Молдавии более чем вдвое упали внутренние цены на сельхозпродукцию. 16 августа молдавская сторона признала нарушения поставщиков, пообещав провести расследование.