В ноябре 1998 года Михаил Трепашкин, работавший тогда в налоговой полиции, принял участие в пресс-конференции подполковника ФСБ Александра Литвиненко и его коллег, заявивших о полученном от руководства приказе убить Бориса Березовского. После скандального брифинга господина Трепашкина вынудили уволиться из следственного отдела УФСНП по МО, он стал адвокатом и правозащитником.
В мае 2002 года Главная военная прокуратура провела обыск на квартире отставного подполковника ФСБ Михаила Трепашкина, в ходе которого было обнаружено 20 патронов к различным видам оружия. Было возбуждено уголовное дело по факту незаконного хранения боеприпасов. В октябре 2002 года к обвинениям добавилась статья 283 УК РФ ("разглашение гостайны без признаков госизмены"). По данным следствия, господин Трепашкин после увольнения из органов передал полковнику ФСБ Виктору Шебалину ряд секретных документов. В это время господин Трепашкин готовился выступить в качестве адвоката потерпевших на процессе по делу о взрывах жилых домов в Москве и Волгодонске осенью 1999 года. 22 октября 2003 года господин Трепашкин был задержан на посту милиции на 47-м километре Дмитровского шоссе. Инспекторы ДПС нашли в его "Жигулях" пистолет. Адвокату было предъявлено обвинение в незаконном хранении оружия.
19 мая 2004 года Московский окружной военный суд признал Михаила Трепашкина виновным в разглашении гостайны и хранении боеприпасов и приговорил его к четырем годам лишения свободы в колонии-поселении. 15 апреля 2005 года Дмитровский горсуд признал его виновным в хранении оружия и добавил к первому сроку еще год заключения. Осужденный обжаловал оба приговора.
1 июля 2005 года Мособлсуд оправдал Михаила Трепашкина по делу о незаконном хранении пистолета, признав его непричастным к событию преступления. 20 июля 2005 года президиум Верховного суда оставил в силе приговор о разглашении гостайны.
По истечении трети срока заключения господин Трепашкин направил в Тагилстроевский райсуд Нижнего Тагила ходатайство с просьбой об условно-досрочном освобождении, которое было удовлетворено 19 августа 2005 года. Однако 16 сентября 2005 года Свердловский облсуд по кассации областной прокуратуры отменил это решение.