Принятое в 1996 году мэром Москвы Юрием Лужковым решение идти на выборы в паре с префектом Южного административного округа столицы Валерием Шанцевым было расценено как реверанс столичного градоначальника в сторону левой оппозиции, которая в декабре 1995 года выиграла выборы в Госдуму РФ, фактически получила контроль над нижней палатой федерального парламента и едва не победила на президентских выборах 1996 года. А Валерий Шанцев не только никогда не скрывал своих коммунистических убеждений, но до назначения префектом был одним из активистов столичного отделения КПРФ. После выборов товарищ Шанцев в столичном правительстве стал курировать далеко не самое престижное, но по тем временам вполне естественное для политика левого толка социальное направление.
В 1999 году в окружении градоначальника развернулась настоящая борьба за право стать избранным вице-мэром: тогда казалось, что лидер оппозиционного Кремлю движения "Отечество" Юрий Лужков в случае победы блока "Отечество — Вся Россия" на парламентских выборах и лидера этого блока Евгения Примакова — на президентских имеет все шансы стать премьером РФ. Соответственно, вице-мэр автоматически становился и. о. градоначальника, что открывало ему путь к победе на выборах. Главным соперником господина Шанцева считался другой близкий господину Лужкову политик — бывший министр по налогам и сборам Георгий Боос. Однако в итоге мэр все же номинировал на пост вице-мэра Валерия Шанцева, а после победы на выборах в качестве благодарности за верность и удачно проведенную предвыборную кампанию существенно расширил его полномочия. Валерий Шанцев стал куратором всего экономического блока столичного правительства.
Однако у него не сложились отношения с другими заместителями Юрия Лужкова в правительстве — руководителем строительного комплекса Владимиром Ресиным и тогдашним руководителем имущественного комплекса Олегом Толкачевым (впоследствии мэр назначил его своим представителем в Совете федерации). Считается, что не без участия недоброжелателей господина Шанцева в московском правительстве в 2003 году Генпрокуратура добилась решения суда об исключении из устава города пункта об избрании вице-мэра на всеобщем голосовании в паре с главой города. Тем не менее избравшийся в третий раз мэром в 2003 году Юрий Лужков назначил Валерия Шанцева своим заместителем.
На этот раз его полномочия были существенно урезаны. Руководство комплексом экономической политики и развития города было отдано первому заместителю мэра в столичном правительстве Юрию Росляку. А для Валерия Шанцева специально был создан новый комплекс: вместо экономики вице-мэру было поручено курировать промышленность, малое предпринимательство, рекламу, телекоммуникации, взаимодействие со СМИ, проблемы демографии, физкультуры и спорта, межрегионального сотрудничества и связи с религиозными организациями. В отсутствие Юрия Лужкова вице-мэр Шанцев по-прежнему исполнял его обязанности, но в последнее время в роли и. о. мэра он выполнял преимущественно представительские функции.