В апреле 1996 года по инициативе премьера Виктора Черномырдина контрольно-ревизионное управление Минфина провело проверку компании АЛРОСА, выявив налоговые недоимки за 1992-1995 годы на 216 млрд руб. и уличив компанию в нарушении валютного законодательства. АЛРОСА была оштрафована на $370 млн.
5 ноября 1996 года на основании проверки Минфина Генпрокуратура возбудила уголовное дело по факту сокрытия доходов от налогообложения и совершения незаконных сделок с валютными ценностями. В офисах компании в Москве, Якутске и Мирном налоговой полицией проведены обыски. В феврале 1997 года следственное управление ФНС закрыло дело в связи с изменениями в законодательстве.
В мае 1997 года сотрудники ГТК задержали в аэропорту Шереметьево-2 несколько партий алмазов на $150 млн по подозрению в занижении их стоимости. Эти алмазы АЛРОСА направляла в адрес компании De Beers. Экспертиза Гохрана подтвердила факт занижения, однако после переговоров между АЛРОСА, ГТК и МВД арест был снят.
29 июня 2001 года Счетная палата обвинила АЛРОСА в уклонении от уплаты налогов в 1999-2000 годах на сумму 4,1 млрд руб. В июле 2001 года палата отказалась от претензий, так как выяснилось, что в данный период компания решением УМНС по Якутии была освобождена от уплаты НДС.
В 2001 году Главное контрольное управление (ГКУ) президента по поручению Владимира Путина совместно с ФСБ несколько месяцев проверяло АЛРОСА. Были выявлены признаки перераспределения федеральной собственности в пользу Якутии. В итоге президент поручил правительству увеличить федеральную долю в компании до контрольной.
По итогам проверки ГКУ также была инициирована налоговая проверка деятельности АЛРОСА в 1999-2001 годах. В ноябре 2002 года УМНС по Якутии объявило о наличии у компании задолженности по налогам в 29 млрд руб. После двухмесячных переговоров сторон претензии были снижены до 1,5 млрд руб., но и эту сумму компания до сих пор оспаривает.
4 апреля 2003 года на коллегии Счетной палаты оглашены итоги новой проверки АЛРОСА. Отмечалось, что по договору 1993 года "Алмазювелирэкспорт" передал АЛРОСА алмазов более чем на $1,2 млрд, но та не смогла подтвердить реализацию или иное использование части этих камней. Кроме того, АЛРОСА скрыла от властей факт приобретения компании Arkos, зарегистрированной в Англии. Оргвыводов не последовало.
5 апреля 2004 года ФАС сообщила о возбуждении дела в отношении АЛРОСА, правительства и госсобрания Якутии в связи с необоснованными льготами, которые якобы были предоставлены гранильным предприятиям АЛРОСА. Расследование продолжается.