В декабре 1994 года прокуратура Москвы обратилась в Мосгордуму с просьбой лишить неприкосновенности депутата Евгения Прошечкина, который 14 декабря 1993 года, будучи в нетрезвом состоянии, оскорбил группу сотрудников милиции. 7 декабря Мосгордума отказала в этой просьбе. Дело закрыто.
В 1997 году сотрудники милиции задержали в Санкт-Петербурге депутата Новгородской облдумы, главу администрации Маловишерского района Леонида Дьяконова при получении взятки в $10 тыс. за предоставление частной компании права лесопользования и вырубки. В ноябре 1999 года суд вернул дело в прокуратуру, указав на необходимость получения согласия Новгородской областной думы на передачу дела в суд. Такого согласия облдума не дала, господин Дьяконов был освобожден из СИЗО и вернулся к исполнению своих обязанностей. Дело прекратили за недоказанностью.
Осенью 1999 года прокуратура Санкт-Петербурга обратилась в законодательное собрание города с просьбой дать согласие на передачу в суд уголовного дела, возбужденного в отношении бывшего вице-спикера Сергея Миронова (нынешнего главы Совета федерации). По версии следствия, Сергей Миронов, исполняя обязанности председателя ЗАКСа, превысил полномочия, когда в 1996 году заключил договор с издательским домом "Смена" о предоставлении ему беспроцентного займа в 100 млн руб. В снятии неприкосновенности было отказано, дело прекращено.
В 2000 году петербургская прокуратура внесла в ЗАКС еще два представления о лишении иммунитета — в отношении депутатов Владимира Сняткова и Алексея Ковалева. Первому инкриминировалась взятка, второго обвиняли в хищении бюджетных средств из резервного депутатского фонда. В обоих случаях депутаты отказались дать согласие на привлечение своих коллег к уголовной ответственности. Дела закрыли.
В январе 2001 года прокуратура Санкт-Петербурга обратилась в законодательное собрание Тюменской области с просьбой снять иммунитет с депутата Владимира Юдина. Он проходил по "делу Юрия Шутова" и обвинялся в причастности к заказным убийствам. 2 февраля дума не сочла возможным лишить Юдина неприкосновенности "по состоянию здоровья" (депутат в то время находился в больнице). Дело прекращено.
10 апреля 2001 года депутаты Красноярской думы отказались удовлетворить ходатайство краевой прокуратуры о лишении полномочий депутата Анатолия Быкова, обвинявшегося в покушении на убийство предпринимателя Вилора Струганова. Депутаты сочли, что их коллегу преследуют по политическим мотивам. Лишить Быкова мандата депутаты согласились только в сентябре 2003 года по его собственной просьбе.