ИДУ обвинялось в ряде громких террористических и военных акций, в частности, в организации покушения на президента Каримова в феврале 1999 года, в попытке вооруженного прорыва на территорию Узбекистана через Баткенский район Киргизии летом того же года. До конца 1990-х годов большая часть боевиков ИДУ базировалась в Таджикистане. После 1999 года ИДУ перебазировалось в Афганистан, где поддерживало тесные связи с талибами и "Аль-Каидой" и имело свой штаб в Кандагаре.
В начале 2002 года американское военное командование объявило о гибели лидера ИДУ Джумы Намангани. Тогда же сообщалось о гибели другого руководителя движения Тахира Юлдашева. После этого долгое время считалось, что движение практически разгромлено.Однако в последнее время сообщения об активизации боевиков ИДУ (ныне переименованного в Исламскую партию Туркестана) появляются все чаще. Так, весной этого года была опровергнута версия о гибели Тахира Юлдашева: пакистанские военные сообщили, что он был ранен и скрывается в горах Южного Вазиристана близ границы с Афганистаном. Кстати, до сих пор нет ни документальных, ни вещественных подтверждений и гибели Джумы Намангани.