8 февраля 2000 года в центре Душанбе прогремели три взрыва. Пострадавших нет. Нескольким зданиям нанесен незначительный материальный ущерб. Предположительно целью терактов была дестабилизация обстановки в преддверии парламентских выборов, назначенных на 27 февраля 2000 года.
1 октября 2000 года в Душанбе при срабатывании двух взрывных устройств мощностью 1 кг тротила в здание в корейской христианской миссии "Сонмин" погибли 25, ранены более 20 человек. Вскоре задержаны два организатора теракта — студенты Мустафокул Боймуродов и Садриддин Фатхутдинов. 13 июля 2001 года они приговорены к смерти.10 сентября 2001 года в западной части Душанбе при взрыве самодельной бомбы погиб молодой человек. По версии следствия, погибший собирался пронести взрывное устройство на центральный стадион Душанбе, где в торжествах, посвященных десятой годовщине независимости Таджикистана, принимал участие президент Таджикистана Эмомали Рахмонов.
27 декабря 2002 года на рынке "Дардой" в Бишкеке в результате взрыва погибли восемь человек, около 20 ранены. 9 мая 2003 года в ошском отделении банка "Бакай" в Бишкеке в результате взрыва погиб один человек. 19 февраля 2004 года за организацию взрывов к смерти приговорены два члена ИДУ, приговор заменен пожизненным заключением.
С 28 марта по 1 апреля 2004 года произошла серия терактов в Ташкенте и Бухарской области. Наиболее мощный взрыв прогремел возле вещевого рынка "Чорсу" в Ташкенте, где подорвалась смертница с поясом шахида. В результате взрывов, а также мероприятий по задержанию преступников погибли 47 человек, в том числе 33 боевика, 35 ранены. 11 апреля ответственность на себя взяла группа "Исламского джихада". 27 июля в Верховном суде Узбекистана начался процесс над 15 обвиняемыми в терактах, все подсудимые признают вину.