В 1990 году господин Лернер взял в одном из коммерческих банков кредит в 40 млн руб., уехал в Израиль и получил там гражданство. В МВД это расценили как попытку скрыться с деньгами и объявили Григория Лернера в розыск. Он был задержан в Швейцарии и 5 апреля 1992 года по решению федерального суда Швейцарии выдан России.
В июне 1994 года дело Григория Лернера было прекращено по амнистии, и он вернулся в Израиль.12 мая 1997 года Григорий Лернер был задержан в тель-авивском аэропорту Бен-Гурион по подозрению в причастности к убийству председателя Мосстройбанка Михаила Журавлева и покушению на заместителя председателя Промстройбанка Станислава Дегтярева (они были его финансовыми партнерами), а также в махинациях на сумму более $100 млн.
1 апреля 1998 года господина Лернера приговорили за махинации к шести годам тюремного заключения и штрафу в $1,4 млн. Через год, 8 июня 1998 года, израильский суд добавил Григорию Лернеру еще два года за задержку с уплатой штрафа.
22 января 2003 года израильская комиссия по условно-досрочному освобождению удовлетворила ходатайство адвокатов осужденного о досрочном освобождении их подзащитного как отбывшего две трети срока. Согласно решению спецкомиссии, Григорий Лернер должен был выйти на свободу 29 января 2003 года. Но в этот день израильская прокуратура оспорила вердикт комиссии в окружном суде Тель-Авива, сославшись на то, что господин Лернер представляет опасность для общества.
18 февраля 2003 года суд отклонил кассацию прокуратуры Израиля и постановил освободить Григория Лернера в зале суда. Но представитель прокуратуры попросил оставить его под стражей еще на неделю, чтобы попытаться отменить это решение в суде высшей инстанции — Верховном суде Израиля. Григория Лернера вернули за решетку.
20 февраля 2003 года прокуратура Израиля отказалась от своих намерений, и Григория Лернера в тот же день освободили.
24 мая 2004 года Григорий Лернер был задержан по подозрению в получении взяток, фальсификации документов и краже.