Среди советских разведчиков, подвергавшихся арестам и тюремному заключению, как правило, "нелегалы" (сотрудники спецслужб, работавшие по подложным документам и не раскрывавшие свои связи с СССР) или агенты из числа граждан зарубежных стран. Тем не менее известны по меньшей мере четыре случая арестов работников советских спецслужб, работавших под "легальным" прикрытием.
5 апреля 1941 года в Нью-Йорке был арестован инженер-консультант советской внешнеторговой компании "Амторг" Гайк Овакимян, являвшийся главой резидентуры внешней разведки НКВД СССР. Его задержали при встрече с агентом и выпустили под залог в $50 тыс. Однако суд над ним так и не состоялся. Летом 1941 года после нападения Германии на СССР президент США Франклин Делано Рузвельт дал указание освободить советского резидента. 23 июля 1941 года господина Овакимяна выслали на родину, где он стал заместителем начальника внешней разведки НКВД, отвечавшим за операции в Северной Америке.События, развернувшиеся в Турции в 1942 году, весьма напоминают историю с убийством Зелимхана Яндарбиева. 24 февраля 1942 года в Анкаре было совершено покушение на посла Германии Франца фон Папена. Болгарин турецкого происхождения Омер Токата планировал бросить бомбу в посла, гулявшего с женой по бульвару Ататюрка. Однако взрывное устройство сработало раньше времени прямо в руках у диверсанта, который погиб. Турки заявили, что организаторами покушения были два советских гражданина: руководитель торгпредства и глава резидентуры НКВД Георгий Мордвинов и сотрудник генконсульства Леонид Корнилов. Советские дипломаты отказались выдать обвиняемых. Тогда турецкие власти окружили здание генконсульства СССР в Анкаре батальоном пехоты и пригрозили начать штурм. Разведчикам пришлось сдаться. 1 апреля 1942 года господа Мордвинов и Корнилов были приговорены к 20 годам тюрьмы каждый. Позднее срок сократили до 16,5 года. Однако в августе 1944 года, когда Турция разорвала дипотношения с Германией, специальным решением меджлиса разведчики были освобождены и вернулись на родину. Официально Служба внешней разведки РФ до сих пор не подтверждает причастность советской стороны к покушению на посла фон Папена. Однако в мемуарах Павла Судоплатова, руководившего в годы войны 4-м (диверсионным) управлением НКВД, говорится, что операцию планировал лично посетивший Турцию замначальника особой группы НКВД Наум Эйтингон — один из лучших диверсантов СССР.
12 мая 1976 года в Токио был арестован офицер ГРУ Александр Мачехин, официально являвшийся сотрудником корпункта Агентства печати "Новости". Его задержали при получении микропленки от агента — офицера военно-морских сил США. Японцы не стали сообщать о задержании в советское посольство, а в ответ на официальный запрос объявили, что не располагают информацией о судьбе господина Мачехина. Только 14 мая японские власти официально подтвердили факт задержания, но отказались выдать разведчика, который не имел дипломатического статуса. Советскому послу было заявлено, что дальнейшая судьба задержанного — "дело полиции". МИД СССР назвал задержание "чистой воды провокацией" и пригрозил Японии "серьезными осложнениями". Господин Мачехин отказался от дачи показаний и в течение пяти дней держал голодовку в тюрьме. 22 мая генпрокурор Японии принял решение освободить его из тюрьмы.
20 мая 1978 года в штате Нью-Джерси (США) при выемке сообщения агента из тайника были задержаны сразу три сотрудника внешней разведки КГБ, работавшие под крышей ООН, Рудольф Черняев, Вальдик Энгер и Владимир Зинякин. В операции по задержанию участвовали более 100 агентов ФБР. В тайнике находились секретные документы военно-морских сил США, заложенные туда агентом КГБ Артуром Линдбергом. Атташе советского представительства при ООН Владимир Зинякин, обладавший дипломатическим иммунитетом, был отпущен в тот же день. Сотрудники секретариата ООН Рудольф Черняев и Вальдик Энгер, не обладавшие таким иммунитетом, в течение месяца находились в тюрьме, а затем были отпущены под залог и подписку о невыезде. 23 октября 1978 года окружным судом города Ньюарк господа Черняев и Энгер были приговорены к 50 годам лишения свободы каждый, после чего подали апелляцию и продолжали находиться на территории жилого комплекса советского представительства при ООН. 27 апреля 1979 года после длительных переговоров СССР и США оба советских разведчика были обменяны на пятерых диссидентов, отбывавших срок в советской колонии,— Александра Гинзбурга, Эдуарда Кузнецова, Марка Дымщица, Валентина Мороза и Георгия Винса. Вальдик Энгер получил за операцию в Нью-Джерси нагрудный знак "Почетный сотрудник госбезопасности". По мотивам истории с их арестом эмигрант Евгений Любин написал книгу "Он шел на связь...".