Джозеф Джеймс Киньон родился в 1860 году. В 16-летнем возрасте начал изучать медицину под руководством своего отца, врача общей практики. В 1882-м окончил колледж со степенью магистра медицины. Стал первым специалистом, изучающим микробиологию в лаборатории при больнице Бельвю в Нью-Йорке, созданной на пожертвования олигарха Эндрю Карнеги. Занимался изучением холеры. В 1886 году начал работать в Службе морских госпиталей ассистентом хирурга, год спустя был назначен директором гигиенической лаборатории, занимавшейся изучением инфекционных заболеваний (в первую очередь холеры, желтой лихорадки, чумы и оспы).
В 1899 году возглавил отделение Службы морских госпиталей в Сан-Франциско и бактериологическую лабораторию на карантинной станции.
После вынужденной отставки в 1901-м работал в частных медицинских компаниях, был профессором бактериологии и патологии в Университете Джорджа Вашингтона. В 1909 году избран президентом Американского общества микробиологии. Последнее место работы — бактериолог департамента здравоохранения округа Колумбия. Скончался в 1919-м.