В период правления Пиночета (с 11 сентября 1973 года по 10 марта 1990 года), по данным Национальной комиссии по установлению истины и примирению («доклад Реттига»), было убито 1068 человек, пропало без вести после ареста 957 человек, еще 90 человек было убито по политическим причинам простыми гражданами. В 614 случаях комиссия не смогла вынести решение, 508 случаев были признаны не соответствующими мандату комиссии. Ответственность за большинство убийств комиссия возложила на тайную политическую полицию — Директорат национальной полиции (DINA).
Согласно данным из обнародованного в 2011 году четвертого доклада Национальной комиссии по делам политических заключенных и пыткам («доклад Валеча»), в период правления Пиночета «подверглись лишению свободы и пыткам по политическим мотивам в результате действий представителей государства или лиц, находящихся на государственной службе», 40 018 человек, 3065 человек были убиты или пропали без вести.
В 2018 году за преступления, совершенные в годы правления военной хунты, был осужден самый высокопоставленный чилийский военный — генерал в отставке Хуан Эмилио Чейре, главнокомандующий чилийской армией с 2002 по 2006 год. За соучастие в убийстве 15 человек, совершенном в 1973 году военнослужащими из спецподразделения, прозванного «караваном смерти», Чейре был приговорен к трем годам и одному дню домашнего ареста. Его командир в момент совершения преступления Ариосто Лапостол был приговорен к 15 годам тюрьмы. По данным на 2018 год, за преступления, связанные с нарушением гражданских прав, совершенные в годы правления Пиночета, было осуждено более тысячи военнослужащих, агентов спецслужб и гражданских лиц.
В 2004 году, чтобы избежать перенаселения тюрьмы Пунта Пеуко, куда помещали осужденных за преступления против прав человека, была построена новая тюрьма — Центр заключения Кордильера. Условия содержания в ней были гораздо лучше, чем в обычных чилийских тюрьмах. Заключенные жили в небольших по размеру отдельных камерах с персональным санузлом, горячей водой, хорошим освещением.
С момента создания «тюрьма класса люкс» вызывала общественное возмущение. Бригадир Мигель Краснов (Михаил Семенович Краснов) был приговорен в общей сложности к 154 годам тюрьмы за похищения людей, убийства и организацию пыточного центра «вилла Гримальди». В 2011 году в Центре Кордильера была устроена вечеринка в честь выхода в свет книги Краснова «Мигель Краснов: в тюрьме за служение Чили». Она привела к столкновениям между сторонниками Краснова и правозащитниками. В 2013-м Мануэль Контрерас, бывший глава тайной полиции DINA, приговоренный в общей сложности к 505 годам заключения за похищения людей и убийства, дал интервью из тюрьмы, в котором издевался над тюремной охраной как над прислугой, а жертв диктатуры назвал вооруженными леваками, погибшими в перестрелках. Это последняя капля переполнила чашу терпения, правительство Чили приняло решение закрыть тюрьму.
Обвинения против самого Пиночета были выдвинуты испанским судьей Бальтазаром Гарсоном в 1998 году. Пиночет был арестован в Лондоне, провел полтора года под домашним арестом, но не был экстрадирован в Испанию, а вернулся на родину. В Чили против него также были выдвинуты обвинения в ряде преступлений — как в причастности к убийствам, похищениям людей, пыткам, так и во взятках, отмывании денег, уклонении от уплаты налогов. Но к моменту своей смерти 10 декабря 2006 года генерал Пиночет так и не был осужден.