В октябре 2014 года в Москве был арестован бывший начальник ФГУП «Дальспецстрой» (подразделение Спецстроя РФ, занимавшееся строительством космодрома Восточный) Юрий Хризман. Он с сообщниками злоупотребил полномочиями при использовании авансов по 11 госконтрактам на цели, не связанные с космодромом. Это повлекло причинение ущерба в размере 5,2 млрд руб. В феврале 2018 года Юрий Хризман получил 11,5 года в колонии общего режима, его сообщники — от 5 до 7 лет лишения свободы.
В апреле 2015 года фигурантом еще одного дела о хищении денег, выделенных на строительство Восточного, стал экс-глава ФГУП «Спецстройсервис» при Спецстрое Андрей Ярцев. Он с еще двумя сотрудниками завысили цены на металлоконструкции для строительства объектов Восточного, что повлекло ущерб в размере 250 млн руб. В мае 2018 года Андрей Ярцев получил 7 лет лишения свободы, его сообщники — от 6,5 до 7,5 года заключения.
В июле 2016 года в Москве по обвинению в мошенничестве был арестован замдиректора Спецстроя Александр Буряков. Он совместно с бывшим первым заместителем директора Спецстроя Александром Загорулько и несколькими бизнесменами похитили около 1 млрд руб. на проектах по строительству и реконструкции девяти военных объектов. В июле 2018 года Александр Буряков получил 5 лет колонии, Александр Загорулько — 8 лет.
В августе 2016 года в Санкт-Петербурге был задержан и арестован начальник ФГУП «Главное управление специального строительства по территории СЗФО при Спецстрое» Александр Шашкин. По версии следствия, за полтора года он получил откаты на сумму 52 млн руб. от коммерческих организаций, чьи интересы лоббировал при заключении госконтрактов. В сентябре 2018 года Александр Шашкин получил 5,5 года колонии.
В апреле 2018 года был задержан бывший глава ФГУП «Спецстройтехнологии» при Спецстрое России Александр Никитин. Он обвиняется в злоупотреблении должностными полномочиями при возведении хранилищ для ракетного топлива. Возглавляемое Александром Никитиным предприятие, по данным следствия, перечислило компании-подрядчику почти 1 млрд руб., но все объекты в отведенные сроки построены не были. Следователи оценивают причиненный ущерб более чем в 665 млн руб. Александр Никитин находится под арестом.