Осенью 1990 года господин Макаров был общественным обвинителем в деле члена общества "Память" Константина Смирнова-Осташвили, который обвинялся в разжигании национальной розни и организации погрома в Центральном доме литераторов. Обвиняемый был приговорен к двум годам лишения свободы.
В мае--ноябре 1992 года адвокат Макаров представлял в Конституционном суде РФ группу депутатов, требовавших признать антиконституционной деятельность КПСС и КП РСФСР. Судебное производство по делу прекращено 30 ноября, так как КПСС и КП РСФСР распались в 1991 году и "утратили свой организационный статус".В июне 1993 года Андрей Макаров возглавил межведомственную комиссию по борьбе коррупцией Совета безопасности. В августе того же года комиссия обвинила вице-президента РФ Александра Руцкого в незаконных финансовых операциях. Кроме того, было заявлено обвинение в адрес бывшего генпрокурора РФ Валентина Степанкова в подготовке убийства Андрея Макарова. Дело Александра Руцкого было передано на расследование в Генпрокуратуру. Борис Ельцин отстранил генерала Руцкого от должности. В 1995 году дело было прекращено за отсутствием состава преступления. Дело против Валентина Степанкова прокуратура Москвы возбудить отказалась.
В марте--ноябре 1993 года господин Макаров входил в рабочую группу по подготовке проекта новой конституции РФ.
В апреле 1994 года адвокат Макаров избран президентом Российской шахматной федерации (РШФ). Его предшественник Евгений Бебчук при поддержке президента ФИДЕ Кирсана Илюмжинова не признал это решение. Конфликт разрешился в мае 1997 года, когда Олимпийский комитет России потребовал признать полномочия Андрея Макарова, угрожая ФИДЕ санкциями по линии МОК. В апреле 1998 года Макаров оставил пост в РШФ, объяснив это тем, что ему "все опротивело".
В 2000 году Макаров был одним из авторов закона о госконтроле за расходами граждан. 21 июня 2003 года Госдума приняла в третьем чтении закон, отменяющий налоговый контроль за расходами физических лиц.