В декабре 1999 года следственным комитетом МВД России (СК МВД) по обвинению в хищении 103 млрд неденоминированных рублей при строительстве 24-километрового участка МКАД возбуждено уголовное дело против гендиректора московского СУ-802 Олега Хоменко. Подозреваемый взят под стражу. По данным следствия, несоблюдение СУ-802 технологических норм и использование некачественных материалов нанесли бюджету Москвы ущерб в 256 млрд неденоминированных рублей. СК МВД установил, что на личный счет господина Хоменко в одном из швейцарских банков было переведено несколько сотен тысяч долларов. Однако 29 января 2001 года замгенпрокурора России Василий Колмогоров отказался продлить срок содержания Олега Хоменко под стражей. В июле 2001 года по делу допрошены первый зампред правительства Москвы Борис Никольский и гендиректор ООО "Организатор" (генподрядчик на строительстве МКАД) Геннадий Муравин. Они заявили, что дорога соответствует требованиям ГОСТа, однако расследование было продолжено. В ноябре 2002 года представители СК МВД заявили, что следствие завершено, обвиняемые знакомятся с материалами дела.
В июле 2001 года возбуждено уголовное дело против главы департамента по строительству и архитектуре Самарской области Александра Латкина. По данным следствия, господин Латкин заключал контракты на ремонт и строительство дорог по завышенным расценкам с группой компаний ДВИ, которую возглавлял его сын Антон Латкин. Счетная палата Самарской области установила, что в результате деятельности обвиняемого департамент по строительству и архитектуре потерял 23,6 млн рублей. Следствие по данному делу продолжается.В марте 2002 года Смоленская облпрокуратура возбудила уголовное дело против бывшего вице-губернатора области Юрия Балбышкина по обвинению в нецелевом использовании 274 млн рублей, выделенных на строительство автотрассы Вязьма--Смоленск в 1999 году. В ноябре 2002 года замгенпрокурора РФ по Центральному федеральному округу Николай Макаров заявил, что ГП РФ предъявит обвинение по факту хищения средств экс-губернатору Смоленской области Александру Прохорову. Однако экспертиза показала, что все фигуранты по делу действовали в рамках служебных полномочий. В декабре 2002 года уголовное преследование экс-губернатора и его заместителя прекращено, но уголовное дело не закрыто.