В апреле 1999 года в Тюмени исчез представитель ЛУКОЙЛа, депутат Ханты-Мансийской окружной думы Владимир Чаун. В подъезде дома, где жил депутат, нашли его куртку и кейс с $7 тыс., а также пулю и гильзу от пистолета и пятна крови. Расследование продолжается.
В сентябре 1999 года в Ингушетии чеченские боевики похитили Магомета Келигова, брата вице-президента "ЛУКОЙЛ-Интернешнл" Мусы Келигова. За него потребовали $5 млн. Муса Келигов уволился из компании и собрал вооруженный отряд для поисков похитителей. Почти через год были найдены и уничтожены главари банды похитителей — братья Вараевы. Их тела обменяли на Магомета Келигова.29 ноября 2001 года в деревне Говорово под Москвой убиты Александр Панаков, внук председателя совета директоров ЛУКОЙЛа Валерия Грайфера, и его невеста Мария Добренькова. Преступники хотели захватить автомобиль Александра Панакова Lexus-300, однако в машине сработала блокировка двигателя. Убийцам достался лишь мобильный телефон убитого, по которому их выследили и задержали. 28 ноября 2002 года пять участников преступления по приговору суда получили от 18 до 21 года тюрьмы. Организатор преступления Константин Пеливанидис находится в розыске.
12 сентября 2002 года в Подмосковье у поселка Внуково неизвестными в камуфляжной форме похищен Сергей Кукура, первый вице-президент ЛУКОЙЛа. Следователям были подброшены две видеокассеты, на которых бизнесмен сообщал условия своего освобождения: $3 млн и 3 млн евро. 25 сентября Сергей Кукура появился в подмосковном поселке Солнечный, где живут сотрудники ЛУКОЙЛа. По словам бизнесмена, похитители отпустили его без выкупа. Трое ранее подозреваемых оказались непричастны к делу. Следствие продолжается.
6 ноября 2002 года в Уфе в подъезде собственного дома неизвестные избили Камиля Мангушева, одного из руководителей башкирского завода ЛУКОЙЛ-ОЗОНИГ, друга Вагита Алекперова. Бизнесмен скончался в больнице не приходя в сознание 12 ноября. Следствие рассматривает несколько версий, в том числе связанную с бизнесом и ограбление.